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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » cif文件中的原子电荷分配
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明-明-

金虫 (小有名气)

[求助] cif文件中的原子电荷分配 已有2人参与

我在数据库中找到了伊利石的cif文件，导入MS后，先点击calculate bonds，每个原子的电荷为零，然后没有进行手动分配电荷，构建超胞后，根据文献，采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，然后就出现报错了。  
This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the
QEq calculation cannot be performed.
This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the
QEq calculation cannot be performed.
Unable to calculate energy and gradients.
Geometry optimization finished with an error condition.
查看报错后的晶体文件，每个原子的力场类型都分配了，但是charge还是为零，用compass力场就不会出现这种现象，优化后原子的电荷、力场均分配了。但查文献，一般是用UFF+Qeq来进行优化以及后续的吸附计算，请问这是什么原因？新人求助。。。是找来的cif文件构建晶体模型时都必须先手动分配原子电荷信息吗？
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1楼 2015-11-19 09:00:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

海仙儿

银虫 (初入文坛)
你好，您的问题解决了吗？怎么解决的呢？我的提示“
This periodic system bears a net charge (-4.000000e) and the
QEq calculation cannot be performed.”
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10楼2016-03-05 16:51:53
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xie158795

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
明-明-: 金币+1, ★有帮助 2015-11-19 16:22:22
你好！应该先初始化既先赋予电荷，再去优化！你有没有学过雅可比迭代，也要先赋予初始值的！同是想问问你的cif文件是在哪找到的？？？

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愿同志同道和的人前行！
2楼2015-11-19 15:00:15
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明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xie158795 at 2015-11-19 15:00:15
你好！应该先初始化既先赋予电荷，再去优化！你有没有学过雅可比迭代，也要先赋予初始值的！同是想问问你的cif文件是在哪找到的？？？

我再问一下，赋予电荷是需要我查文献，找到各个原子的电荷信息后，直接在properties里面的charge中直接改吗？还是用某一task直接赋予电荷，看文章里（关于蒙脱石的）是说引用的电荷参数。 但优化时选择compass,以及forcefield assigned,正常运行，优化后电荷，力场都有了。  晶体文件是在这个网站上找的http://www.crystallography.net/index.php
另外，Findit软件中也可以找到，直接生成cif文件。我装的08版
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3楼2015-11-19 16:21:49
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xie158795

金虫 (小有名气)
直接改听我师兄说，好像是不行的，应该用某种规折赋予，不然后期会模拟不下去

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愿同志同道和的人前行！
4楼2015-11-20 08:18:12
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明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xie158795 at 2015-11-20 08:18:12
直接改听我师兄说，好像是不行的，应该用某种规折赋予，不然后期会模拟不下去

邮箱上问了一个写类似文章的作者，得到的回复是在优化前，手动赋予了原子电荷参数，参数是从文献中（室内实验）得到的，但关于力场的选择问题，没有得到解决。
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5楼2015-11-23 16:12:38
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橙子学术

银虫 (小有名气)
你好，这个问题你解决了吗？我也是构建超晶胞，然后采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，主要是模型电荷也不平衡，所以QE电荷平衡法会出错！
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6楼2016-01-10 11:00:32
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明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 橙子学术 at 2016-01-10 11:00:32
你好，这个问题你解决了吗？我也是构建超晶胞，然后采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，主要是模型电荷也不平衡，所以QE电荷平衡法会出错！

你确定是遇到的跟我一样的问题吗？提示This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. 这个问题我最后解决了
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7楼2016-01-10 16:14:14
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明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 橙子学术 at 2016-01-10 11:00:32
你好，这个问题你解决了吗？我也是构建超晶胞，然后采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，主要是模型电荷也不平衡，所以QE电荷平衡法会出错！

已经私信回复你了，你看一下吧。
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8楼2016-01-10 16:27:35
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海仙儿

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 明-明- at 2016-01-10 16:27:35
已经私信回复你了，你看一下吧。...

同求此问题的解决方法！！
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9楼2016-03-05 15:20:01
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