应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » cif文件中的原子电荷分配
321/4返回列表1234下一页
查看: 7808  |  回复: 31
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

明-明-

金虫 (小有名气)

[求助] cif文件中的原子电荷分配 已有2人参与

我在数据库中找到了伊利石的cif文件，导入MS后，先点击calculate bonds，每个原子的电荷为零，然后没有进行手动分配电荷，构建超胞后，根据文献，采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，然后就出现报错了。  
This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the
QEq calculation cannot be performed.
This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the
QEq calculation cannot be performed.
Unable to calculate energy and gradients.
Geometry optimization finished with an error condition.
查看报错后的晶体文件，每个原子的力场类型都分配了，但是charge还是为零，用compass力场就不会出现这种现象，优化后原子的电荷、力场均分配了。但查文献，一般是用UFF+Qeq来进行优化以及后续的吸附计算，请问这是什么原因？新人求助。。。是找来的cif文件构建晶体模型时都必须先手动分配原子电荷信息吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
互相交流，互相学习
1楼 2015-11-19 09:00:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

海仙儿

银虫 (初入文坛)
你好，您的问题解决了吗？怎么解决的呢？我的提示“
This periodic system bears a net charge (-4.000000e) and the
QEq calculation cannot be performed.”
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2016-03-05 16:51:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

xie158795

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
明-明-: 金币+1, ★有帮助 2015-11-19 16:22:22
你好！应该先初始化既先赋予电荷，再去优化！你有没有学过雅可比迭代，也要先赋予初始值的！同是想问问你的cif文件是在哪找到的？？？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
愿同志同道和的人前行！
2楼2015-11-19 15:00:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xie158795 at 2015-11-19 15:00:15
你好！应该先初始化既先赋予电荷，再去优化！你有没有学过雅可比迭代，也要先赋予初始值的！同是想问问你的cif文件是在哪找到的？？？

我再问一下，赋予电荷是需要我查文献，找到各个原子的电荷信息后，直接在properties里面的charge中直接改吗？还是用某一task直接赋予电荷，看文章里（关于蒙脱石的）是说引用的电荷参数。 但优化时选择compass,以及forcefield assigned,正常运行，优化后电荷，力场都有了。  晶体文件是在这个网站上找的http://www.crystallography.net/index.php
另外，Findit软件中也可以找到，直接生成cif文件。我装的08版
赞一下 回复此楼
互相交流，互相学习
3楼2015-11-19 16:21:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xie158795

金虫 (小有名气)
直接改听我师兄说，好像是不行的，应该用某种规折赋予，不然后期会模拟不下去

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
愿同志同道和的人前行！
4楼2015-11-20 08:18:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xie158795 at 2015-11-20 08:18:12
直接改听我师兄说，好像是不行的，应该用某种规折赋予，不然后期会模拟不下去

邮箱上问了一个写类似文章的作者，得到的回复是在优化前，手动赋予了原子电荷参数，参数是从文献中（室内实验）得到的，但关于力场的选择问题，没有得到解决。
赞一下 回复此楼
互相交流，互相学习
5楼2015-11-23 16:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

橙子学术

银虫 (小有名气)
你好，这个问题你解决了吗？我也是构建超晶胞，然后采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，主要是模型电荷也不平衡，所以QE电荷平衡法会出错！
赞一下 回复此楼
6楼2016-01-10 11:00:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 橙子学术 at 2016-01-10 11:00:32
你好，这个问题你解决了吗？我也是构建超晶胞，然后采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，主要是模型电荷也不平衡，所以QE电荷平衡法会出错！

你确定是遇到的跟我一样的问题吗？提示This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. 这个问题我最后解决了
赞一下 回复此楼
互相交流，互相学习
7楼2016-01-10 16:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 橙子学术 at 2016-01-10 11:00:32
你好，这个问题你解决了吗？我也是构建超晶胞，然后采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，主要是模型电荷也不平衡，所以QE电荷平衡法会出错！

已经私信回复你了，你看一下吧。
赞一下 回复此楼
互相交流，互相学习
8楼2016-01-10 16:27:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

海仙儿

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 明-明- at 2016-01-10 16:27:35
已经私信回复你了，你看一下吧。...

同求此问题的解决方法！！
赞一下 回复此楼
9楼2016-03-05 15:20:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 明-明- 的主题更新
321/4返回列表1234下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 5/250 2026-08-30 20:29 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 zICmwzsBXjbN 2026-08-29 5/250 2026-08-30 20:08 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 19:57 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AVl0JAsg9hyo 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:57 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 6/300 2026-08-30 19:13 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 17:34 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 17:34 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +8 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 12/600 2026-08-30 17:11 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:03 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 06:57 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭