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【原创】一种获取有机分子原子位置的方法（欢迎拍砖）
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小弟刚开始做分子动力学，这个方法可能比较笨拙，还请各位多多指教 想找一些有机分子中原子的位置，但是我比较懒，不想查文献，从小木虫和群里面取经，大家说CCDC可能可以，然后就开始了自己的尝试。 需要软件：CCDC（晶体板块可以找到）与MS 1安装CCDC与MS：两者的详细的安装方法可以搜索到，给一个CCDC安装的doc。http://good.gd/718853.htm 注意:CCDC安装的时候，关键是MyConQuest这个快捷方式中“目标”与“起始位置”的修改，把解压的东西放在csd1文件夹下，在目标中链接上Python文件夹下pythonw.exe和lib文件夹下csdy.py，在起始位置输入pythonw.exe所在的文件夹。然后安装更新，给个地址http://iask.sina.com.cn/u/113394 ... 隙ū任沂煜ぃ俸佟� 2，search到合适的结构以后，点file中的Export Entries as…，然后保存，一定要保存为  cif格式,数据一定要放在原始路径，我的是（C:\Documents and Settings\Administrator\csds_data）3，允许MS可以打开cif文件，找到刚才的文件然后用MS打开，OK了，如果想要所有的原子坐标，点击adjust hydrogen添加氢原子，然后file——Export，选Export as为 Crystallographic Information就可以了。 CCDC里面是无法看到原子坐标的，但是也没法添加氢原子，师兄说实验上根据电子密度无法确定氢的位置，但是这样adjust上的是否准确？还请指导。 或者有什么别的方法哪里做的不对，请各位指点  欢迎拍砖:dnd:[ Last edited by xk6891 on 2010-11-16 at 09:17 ] |
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