应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 跪求Amber软件的MM-PBSA怎么进行能量分解？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
161/2返回列表12下一页
查看: 2562  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

背包旅客

新虫 (初入文坛)

[求助] 跪求Amber软件的MM-PBSA怎么进行能量分解？

本人使用Gromacs4.5.5版本进行的MD，然后用Amber软件的MM-PBSA计算小分子-蛋白复合物的结合自由能。但是现在我导师要求我计算一下残基的能量分解！可是我不会啊！，也不懂去哪找教程。。。看到虫友有说这个的，可是看不清楚。。。跪求各位大神帮忙！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-11-09 12:04:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
amber官网有教程

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2015-11-09 12:22:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 12:22:48
amber官网有教程

可以具体一点么？？？是Amber官网的MM-PBSA的教程吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-11-09 15:02:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程，教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-09 16:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 16:43:32
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程，教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

嗯嗯，我试试！O(∩_∩)O谢谢啦！本人菜鸟一个，还得多请教你哦！
赞一下 回复此楼
5楼2015-11-09 18:12:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 16:43:32
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程，教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

你好，请问你做过Amber官网的MM-PBSA的教程吗？？、我现在直接卡在第一部分啦！运行不下去。。。可以请教一下你么？？？
赞一下 回复此楼
6楼2015-11-13 17:07:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
你没amber软件的话就看gromacs的官网教程吧，我忘了你用的是gromacs，官网上有计算结合能的教程

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2015-11-13 20:47:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-13 20:47:35
你没amber软件的话就看gromacs的官网教程吧，我忘了你用的是gromacs，官网上有计算结合能的教程

可是，我之前用过amber生成小分子的GAFF力场文件呀，我的账号上面是装有amber12的，但是不懂怎么下载可用的amber力场到我的文件夹里面。。。
赞一下 回复此楼
8楼2015-11-13 22:00:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
Amber是收费软件，但是他的ambertools是免费的但只能处理小份子

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2015-11-13 22:07:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
10楼2015-11-15 10:38:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 背包旅客 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0856调剂 +3 曲听筠 2026-03-30 3/150 2026-03-31 07:29 by 无际的草原
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +12 Youth_ 2026-03-30 12/600 2026-03-31 03:34 by 蒙奇奇521
[考研] 本科211总分289，08工学真心求调剂 +3 utopiaE 2026-03-30 3/150 2026-03-30 23:42 by ms629
[考研] 11408总分309，一志愿东南大学求调剂，不挑专业 +5 天赋带到THU 2026-03-29 6/300 2026-03-30 20:49 by dick_runner
[考研] 一志愿华中师范化学332分求调剂 +3 Lyy930824@ 2026-03-29 3/150 2026-03-30 20:15 by DHUSHUAI
[考研] 材料科学与工程 317求调剂 +7 JKSOIID 2026-03-26 7/350 2026-03-30 20:10 by 滴滴上岸呀
[考研] 346求调剂 一志愿070303有机化学 +7 萝卜炖青菜 2026-03-28 8/400 2026-03-30 19:59 by 无际的草原
[考研] 抱歉 +3 田洪有 2026-03-30 3/150 2026-03-30 19:11 by 迷糊CCPs
[考研] 322求调剂：一志愿湖南大学 材料与化工（085600），已过六级。 +9 XX小邓 2026-03-29 9/450 2026-03-30 17:18 by limeifeng
[考研] 298求调剂 +3 什么是胖头鱼 2026-03-30 5/250 2026-03-30 14:41 by 青海小西牛
[考研] 329求调剂 +8 星野? 2026-03-26 8/400 2026-03-30 13:41 by chemdavid
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-29 5/250 2026-03-29 16:46 by 学员8dgXkO
[考研] 070305高分子化学与物理 304分求调剂 +12 c297914 2026-03-28 12/600 2026-03-29 16:21 by Serene1974
[考研] 279求调剂 +4 蝶舞轻绕 2026-03-29 4/200 2026-03-29 09:45 by laoshidan
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 265求调剂 +8 小木虫085600 2026-03-27 8/400 2026-03-27 22:16 by 无际的草原
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 一志愿吉大071010，316分求调剂 +3 xgbiknn 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:36 by guoweigw
[考研] 化学调剂一志愿上海交通大学336分-本科上海211 +4 小鱼爱有机 2026-03-25 4/200 2026-03-26 10:19 by aa331100
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭