应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 跪求Amber软件的MM-PBSA怎么进行能量分解？
161/2返回列表12下一页
查看: 2670  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

背包旅客

新虫 (初入文坛)

[求助] 跪求Amber软件的MM-PBSA怎么进行能量分解？

本人使用Gromacs4.5.5版本进行的MD，然后用Amber软件的MM-PBSA计算小分子-蛋白复合物的结合自由能。但是现在我导师要求我计算一下残基的能量分解！可是我不会啊！，也不懂去哪找教程。。。看到虫友有说这个的，可是看不清楚。。。跪求各位大神帮忙！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-11-09 12:04:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
amber官网有教程

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2015-11-09 12:22:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 12:22:48
amber官网有教程

可以具体一点么？？？是Amber官网的MM-PBSA的教程吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-11-09 15:02:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程，教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-09 16:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 16:43:32
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程，教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

嗯嗯，我试试！O(∩_∩)O谢谢啦！本人菜鸟一个，还得多请教你哦！
赞一下 回复此楼
5楼2015-11-09 18:12:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 16:43:32
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程，教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

你好，请问你做过Amber官网的MM-PBSA的教程吗？？、我现在直接卡在第一部分啦！运行不下去。。。可以请教一下你么？？？
赞一下 回复此楼
6楼2015-11-13 17:07:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
你没amber软件的话就看gromacs的官网教程吧，我忘了你用的是gromacs，官网上有计算结合能的教程

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2015-11-13 20:47:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-13 20:47:35
你没amber软件的话就看gromacs的官网教程吧，我忘了你用的是gromacs，官网上有计算结合能的教程

可是，我之前用过amber生成小分子的GAFF力场文件呀，我的账号上面是装有amber12的，但是不懂怎么下载可用的amber力场到我的文件夹里面。。。
赞一下 回复此楼
8楼2015-11-13 22:00:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
Amber是收费软件，但是他的ambertools是免费的但只能处理小份子

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2015-11-13 22:07:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
10楼2015-11-15 10:38:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 背包旅客 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 10:18 by winsaint
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 09:49 by G6APbkg8SA6w
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 09:48 by G6APbkg8SA6w
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 09:39 by G6APbkg8SA6w
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:38 by G6APbkg8SA6w
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭