24小时热门版块排行榜    

查看: 2675  |  回复: 15

背包旅客

新虫 (初入文坛)

[求助] 跪求Amber软件的MM-PBSA怎么进行能量分解?

本人使用Gromacs4.5.5版本进行的MD,然后用Amber软件的MM-PBSA计算小分子-蛋白复合物的结合自由能。但是现在我导师要求我计算一下残基的能量分解!可是我不会啊!,也不懂去哪找教程。。。看到虫友有说这个的,可是看不清楚。。。跪求各位大神帮忙!!!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)

2楼2015-11-09 12:22:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 12:22:48
amber官网有教程

可以具体一点么???是Amber官网的MM-PBSA的教程吗?
3楼2015-11-09 15:02:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)

进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程,教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

发自小木虫Android客户端
4楼2015-11-09 16:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 16:43:32
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程,教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

嗯嗯,我试试!O(∩_∩)O谢谢啦!本人菜鸟一个,还得多请教你哦!
5楼2015-11-09 18:12:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 16:43:32
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程,教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

你好,请问你做过Amber官网的MM-PBSA的教程吗??、我现在直接卡在第一部分啦!运行不下去。。。可以请教一下你么???
6楼2015-11-13 17:07:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)

你没amber软件的话就看gromacs的官网教程吧,我忘了你用的是gromacs,官网上有计算结合能的教程

发自小木虫Android客户端
7楼2015-11-13 20:47:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-13 20:47:35
你没amber软件的话就看gromacs的官网教程吧,我忘了你用的是gromacs,官网上有计算结合能的教程

可是,我之前用过amber生成小分子的GAFF力场文件呀,我的账号上面是装有amber12的,但是不懂怎么下载可用的amber力场到我的文件夹里面。。。
8楼2015-11-13 22:00:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)

Amber是收费软件,但是他的ambertools是免费的但只能处理小份子

发自小木虫Android客户端
9楼2015-11-13 22:07:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)

内容已删除
10楼2015-11-15 10:38:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 背包旅客 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-29 22:27 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-29 21:35 by 4qO8zhfjr2AX
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:33 by 4qO8zhfjr2AX
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-29 18:26 by 4FFAWE8HcgUD
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 17:31 by 4FFAWE8HcgUD
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 17:30 by 4FFAWE8HcgUD
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:02 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
请填处理意见