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背包旅客

新虫 (初入文坛)

[求助] 跪求Amber软件的MM-PBSA怎么进行能量分解?

本人使用Gromacs4.5.5版本进行的MD,然后用Amber软件的MM-PBSA计算小分子-蛋白复合物的结合自由能。但是现在我导师要求我计算一下残基的能量分解!可是我不会啊!,也不懂去哪找教程。。。看到虫友有说这个的,可是看不清楚。。。跪求各位大神帮忙!!!
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hdx1991

新虫 (著名写手)

2楼2015-11-09 12:22:48
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背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 12:22:48
amber官网有教程

可以具体一点么???是Amber官网的MM-PBSA的教程吗?
3楼2015-11-09 15:02:41
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hdx1991

新虫 (著名写手)

进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程,教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

发自小木虫Android客户端
4楼2015-11-09 16:43:32
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背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 16:43:32
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程,教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

嗯嗯,我试试!O(∩_∩)O谢谢啦!本人菜鸟一个,还得多请教你哦!
5楼2015-11-09 18:12:14
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背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 16:43:32
进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程,教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

你好,请问你做过Amber官网的MM-PBSA的教程吗??、我现在直接卡在第一部分啦!运行不下去。。。可以请教一下你么???
6楼2015-11-13 17:07:38
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hdx1991

新虫 (著名写手)

你没amber软件的话就看gromacs的官网教程吧,我忘了你用的是gromacs,官网上有计算结合能的教程

发自小木虫Android客户端
7楼2015-11-13 20:47:35
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背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-13 20:47:35
你没amber软件的话就看gromacs的官网教程吧,我忘了你用的是gromacs,官网上有计算结合能的教程

可是,我之前用过amber生成小分子的GAFF力场文件呀,我的账号上面是装有amber12的,但是不懂怎么下载可用的amber力场到我的文件夹里面。。。
8楼2015-11-13 22:00:55
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hdx1991

新虫 (著名写手)

Amber是收费软件,但是他的ambertools是免费的但只能处理小份子

发自小木虫Android客户端
9楼2015-11-13 22:07:29
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背包旅客

新虫 (初入文坛)

内容已删除
10楼2015-11-15 10:38:29
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