| 查看: 2521 | 回复: 14 | |||
aizazadi525管理员
|
[求助]
能量优化之后还是大于1000 已有2人参与
|
|
小虫刚接触gromacs，现在在对一个自己对接的蛋白复合物进行动力学模拟，在能量优化过程中，使用如下.mdp文件 ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 但是运行总是很快就结束了，返回结果说： Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax< 1000 试着调了几个参数，如把nsteps调整为100000，或把emstep调整为0.02或0.03，但还是出现同样的结果。想着不报错就继续运行，但是在NVT平衡的时候，就会出现LINCE WARNING,出现太多程序就自动停止了。 有没有哪位大神知道一下，这种情况该如何处理。谢谢了！！  2015-11-06_172833.png  2015-11-06_172803.png  2015-11-06_172600.png |
回复此楼» 猜你喜欢
309分085801求调剂
已经有7人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有3人回复
-
求调剂：一志愿：南京大学 专业：0705 总分320 ，本科985，四六级已过
已经有3人回复
-
环境工程 085701，267求调剂
已经有14人回复
-
308求调剂
已经有12人回复
-
求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319
已经有21人回复
-
311求调剂
已经有8人回复
-
294分080500材料科学与工程求调剂
已经有13人回复
-
288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工
已经有19人回复
-
288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行
已经有23人回复
2楼2015-11-06 21:11:52
awaken2013
兑换贵宾
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
感谢参与，应助指数 +1
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
|
只能说你自己对接的这个构象，无法被能量最小化到1000以内。（报错写的很清楚） 楼上说的方法可能可行。 若不行，还是仔细要看看你对接的结果 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
aizazadi5253楼2015-11-09 02:10:58
aizazadi525
主管区长
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5372.7
- 散金: 5
- 红花: 7
- 帖子: 625
- 在线: 377.2小时
- 虫号: 1146537
- 注册: 2010-11-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
4楼2015-11-09 15:32:34
aizazadi525
版主
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5372.7
- 散金: 5
- 红花: 7
- 帖子: 625
- 在线: 377.2小时
- 虫号: 1146537
- 注册: 2010-11-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
5楼2015-11-09 17:02:35
aizazadi525
实习版主
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5372.7
- 散金: 5
- 红花: 7
- 帖子: 625
- 在线: 377.2小时
- 虫号: 1146537
- 注册: 2010-11-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
6楼2015-11-09 17:05:42
aizazadi525
兑换贵宾
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5372.7
- 散金: 5
- 红花: 7
- 帖子: 625
- 在线: 377.2小时
- 虫号: 1146537
- 注册: 2010-11-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
7楼2015-11-09 21:40:06
awaken2013
超级版主
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
8楼2015-11-10 00:03:27
aizazadi525
版主
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5372.7
- 散金: 5
- 红花: 7
- 帖子: 625
- 在线: 377.2小时
- 虫号: 1146537
- 注册: 2010-11-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
|
你好！我的蛋白是直接从PDB数据库中下载的，使用Chimera软件修复了氨基酸残基，里边的配体是我们自己分离得到的。我用sybyl软件构建了配体的三维结构、并进行了能量优化、构象优化。随后使用了Surflex dock模块进行了对接，在对接前对蛋白进行了加氢、加电荷及一些优化。对对接结果另存为PDB文件，然后进行MD模拟。这就是我的试验流程。我自己在网上也百度了一些解决方法，如2楼说的修改原子的坐标、修改integrator参数为cg、修改emstep为0.00001等方法，输出结果还是stepsize too small。你说的这个优化蛋白，可不可以给以个具体的方法？谢谢了！ |
9楼2015-11-10 13:33:48
awaken2013
专家顾问
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
10楼2015-11-10 22:13:49
