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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 能量优化之后还是大于1000 已有2人参与

小虫刚接触gromacs,现在在对一个自己对接的蛋白复合物进行动力学模拟,在能量优化过程中,使用如下.mdp文件
          ; Title of run
          ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
          integrator        = steep                ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
          emtol                = 1000.0          ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol
          emstep      = 0.01      ; Energy step size
          nsteps                = 50000                  ; Maximum number of (minimization) steps to perform
          energygrps        = system        ; Which energy group(s) to write to disk

         ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
           nstlist                = 1                    ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
           ns_type                = grid                ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
           rlist                = 1.0                ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
           coulombtype        = PME                ; Treatment of long range electrostatic interactions
           rcoulomb        = 1.0                ; long range electrostatic cut-off
            rvdw                = 1.0                ; long range Van der Waals cut-off
           pbc         = xyz                 ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
       但是运行总是很快就结束了,返回结果说:
       Stepsize too small, or no change in energy.
       Converged to machine precision,
       but not to the requested precision Fmax< 1000
      试着调了几个参数,如把nsteps调整为100000,或把emstep调整为0.02或0.03,但还是出现同样的结果。想着不报错就继续运行,但是在NVT平衡的时候,就会出现LINCE WARNING,出现太多程序就自动停止了。
     有没有哪位大神知道一下,这种情况该如何处理。谢谢了!!

能量优化之后还是大于1000
2015-11-06_172833.png


能量优化之后还是大于1000-1
2015-11-06_172803.png


能量优化之后还是大于1000-2
2015-11-06_172600.png
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-09 02:10:58
只能说你自己对接的这个构象,无法被能量最小化到1000以内。(报错写的很清楚)
楼上说的方法可能可行。
若不行,还是仔细要看看你对接的结果

谢谢
4楼2015-11-09 15:32:34
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angjzy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:21
可以手动修改你的那个6060原子的坐标,xyz任意一个都可以,我通常改xy上的,左右微调0.1即可,然后在跑最小化看,试试吧
2楼2015-11-06 21:11:52
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
只能说你自己对接的这个构象,无法被能量最小化到1000以内。(报错写的很清楚)
楼上说的方法可能可行。
若不行,还是仔细要看看你对接的结果

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3楼2015-11-09 02:10:58
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2015-11-06 21:11:52
可以手动修改你的那个6060原子的坐标,xyz任意一个都可以,我通常改xy上的,左右微调0.1即可,然后在跑最小化看,试试吧

谢谢你的应助,我还想咨询一下,按照你的这种方法最后运算成功了的话,以后在写文章发表的时候需不需要特别说明?
5楼2015-11-09 17:02:35
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