| 查看: 2806 | 回复: 14 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
aizazadi525铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
能量优化之后还是大于1000 已有2人参与
|
|
|
小虫刚接触gromacs，现在在对一个自己对接的蛋白复合物进行动力学模拟，在能量优化过程中，使用如下.mdp文件 ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 但是运行总是很快就结束了，返回结果说： Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax< 1000 试着调了几个参数，如把nsteps调整为100000，或把emstep调整为0.02或0.03，但还是出现同样的结果。想着不报错就继续运行，但是在NVT平衡的时候，就会出现LINCE WARNING,出现太多程序就自动停止了。 有没有哪位大神知道一下，这种情况该如何处理。谢谢了！！  2015-11-06_172833.png  2015-11-06_172803.png  2015-11-06_172600.png |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有8人回复
-
面上意见出来了
已经有12人回复
-
为什么到现在没收到通知？
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有9人回复
aizazadi525
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5372.7
- 散金: 5
- 红花: 7
- 帖子: 625
- 在线: 377.6小时
- 虫号: 1146537
- 注册: 2010-11-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
送红花一朵 4楼2015-11-09 15:32:34
angjzy
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 1745.2
- 散金: 1491
- 红花: 5
- 帖子: 251
- 在线: 172.3小时
- 虫号: 647898
- 注册: 2008-11-06
- 专业: 药物材料
2楼2015-11-06 21:11:52
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
感谢参与，应助指数 +1
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
|
只能说你自己对接的这个构象，无法被能量最小化到1000以内。（报错写的很清楚） 楼上说的方法可能可行。 若不行，还是仔细要看看你对接的结果 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2015-11-09 02:10:58
aizazadi525
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5372.7
- 散金: 5
- 红花: 7
- 帖子: 625
- 在线: 377.6小时
- 虫号: 1146537
- 注册: 2010-11-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
5楼2015-11-09 17:02:35
