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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 能量优化之后还是大于1000
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 能量优化之后还是大于1000 已有2人参与

小虫刚接触gromacs，现在在对一个自己对接的蛋白复合物进行动力学模拟，在能量优化过程中，使用如下.mdp文件
          ; Title of run
          ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
          integrator        = steep                ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
          emtol                = 1000.0          ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol
          emstep      = 0.01      ; Energy step size
          nsteps                = 50000                  ; Maximum number of (minimization) steps to perform
          energygrps        = system        ; Which energy group(s) to write to disk

         ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
           nstlist                = 1                    ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
           ns_type                = grid                ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
           rlist                = 1.0                ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
           coulombtype        = PME                ; Treatment of long range electrostatic interactions
           rcoulomb        = 1.0                ; long range electrostatic cut-off
            rvdw                = 1.0                ; long range Van der Waals cut-off
           pbc         = xyz                 ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
       但是运行总是很快就结束了，返回结果说：
       Stepsize too small, or no change in energy.
       Converged to machine precision,
       but not to the requested precision Fmax< 1000
      试着调了几个参数，如把nsteps调整为100000，或把emstep调整为0.02或0.03，但还是出现同样的结果。想着不报错就继续运行，但是在NVT平衡的时候，就会出现LINCE WARNING,出现太多程序就自动停止了。
     有没有哪位大神知道一下，这种情况该如何处理。谢谢了！！

能量优化之后还是大于1000
2015-11-06_172833.png


能量优化之后还是大于1000-1
2015-11-06_172803.png


能量优化之后还是大于1000-2
2015-11-06_172600.png
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1楼 2015-11-06 17:30:57
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angjzy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:21
可以手动修改你的那个6060原子的坐标，xyz任意一个都可以，我通常改xy上的，左右微调0.1即可，然后在跑最小化看，试试吧
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2楼2015-11-06 21:11:52
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
只能说你自己对接的这个构象，无法被能量最小化到1000以内。（报错写的很清楚）
楼上说的方法可能可行。
若不行，还是仔细要看看你对接的结果
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aizazadi525
3楼2015-11-09 02:10:58
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-09 02:10:58
只能说你自己对接的这个构象，无法被能量最小化到1000以内。（报错写的很清楚）
楼上说的方法可能可行。
若不行，还是仔细要看看你对接的结果

谢谢
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4楼2015-11-09 15:32:34
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2015-11-06 21:11:52
可以手动修改你的那个6060原子的坐标，xyz任意一个都可以，我通常改xy上的，左右微调0.1即可，然后在跑最小化看，试试吧

谢谢你的应助，我还想咨询一下，按照你的这种方法最后运算成功了的话，以后在写文章发表的时候需不需要特别说明？
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5楼2015-11-09 17:02:35
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-09 02:10:58
只能说你自己对接的这个构象，无法被能量最小化到1000以内。（报错写的很清楚）
楼上说的方法可能可行。
若不行，还是仔细要看看你对接的结果

谢谢你的应助，如果2楼的方法不可行，还有其他的办法吗？我是使用的sybyl进行的对接，在对接之已经对配体进行了能量的优化。我是不是有必要在对接之前使用Gromacs来进行能量的优化，或者在MD模拟的时候，之前有一部要把配体提取出来，我可以在这一步对配体优化吗？
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6楼2015-11-09 17:05:42
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2015-11-06 21:11:52
可以手动修改你的那个6060原子的坐标，xyz任意一个都可以，我通常改xy上的，左右微调0.1即可，然后在跑最小化看，试试吧

我试着修改了一下6060的坐标，最小化的时候还是不能达到1000一下，还有其他的办法吗？
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7楼2015-11-09 21:40:06
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by aizazadi525 at 2015-11-09 17:05:42
谢谢你的应助，如果2楼的方法不可行，还有其他的办法吗？我是使用的sybyl进行的对接，在对接之已经对配体进行了能量的优化。我是不是有必要在对接之前使用Gromacs来进行能量的优化，或者在MD模拟的时候，之前有一部 ...

可以试试先优化一下蛋白（可能你是同源建模）
然后再对接，最后才做复合动力学

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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8楼2015-11-10 00:03:27
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-10 00:03:27
可以试试先优化一下蛋白（可能你是同源建模）
然后再对接，最后才做复合动力学
...

你好！我的蛋白是直接从PDB数据库中下载的，使用Chimera软件修复了氨基酸残基，里边的配体是我们自己分离得到的。我用sybyl软件构建了配体的三维结构、并进行了能量优化、构象优化。随后使用了Surflex dock模块进行了对接，在对接前对蛋白进行了加氢、加电荷及一些优化。对对接结果另存为PDB文件，然后进行MD模拟。这就是我的试验流程。我自己在网上也百度了一些解决方法，如2楼说的修改原子的坐标、修改integrator参数为cg、修改emstep为0.00001等方法，输出结果还是stepsize too small。你说的这个优化蛋白，可不可以给以个具体的方法？谢谢了！
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9楼2015-11-10 13:33:48
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by aizazadi525 at 2015-11-10 13:33:48
你好！我的蛋白是直接从PDB数据库中下载的，使用Chimera软件修复了氨基酸残基，里边的配体是我们自己分离得到的。我用sybyl软件构建了配体的三维结构、并进行了能量优化、构象优化。随后使用了Surflex dock模块进行 ...

你的蛋白pdb本身是复合物晶体对么？如果是结晶出来的就没必要优化了。如果是复合物原本的配体，就没必要对接了。直接用复合物结构模拟。
如果不是原配体，对接步骤这块应该也没什么问题。
还有个问题：你的小分子有没有构建itp。include到top里？直接另存为pdb.没有小分子信息。。你是如何grommp的..
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10楼2015-11-10 22:13:49
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