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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 能量优化之后还是大于1000
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angjzy

木虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by aizazadi525 at 2015-11-09 21:40:06
我试着修改了一下6060的坐标，最小化的时候还是不能达到1000一下，还有其他的办法吗？...

那就不知道了，因为我用的结构都是核磁或者结晶的，你对接完的结构通不过最小化那就是结构本身不合理，会不会是过程种的top或者itp匹配出现了问题
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11楼2015-11-11 00:10:54
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-10 22:13:49
你的蛋白pdb本身是复合物晶体对么？如果是结晶出来的就没必要优化了。如果是复合物原本的配体，就没必要对接了。直接用复合物结构模拟。
如果不是原配体，对接步骤这块应该也没什么问题。
还有个问题：你的小分子 ...

我的蛋白pdb原来就是复合物晶体，把里边原来存在的配体提取出来，通过对接把我们自己的配体放进去。
我的小分子配体是通过PRODRG网站在线生成拓扑文件，将其中的两个文件一个另存为.gro文件，一个另存为.itp文件，动力学模拟的过程就是按照GROMACS软件的教程的步骤来进行的。
1、先将配体从复合物中抽提出来
      grep HL 1O83.pdb > HL.pdb
2、分别准备蛋白的拓扑文件和配体的拓扑文件，并将配体的拓扑文件和蛋白的拓扑文件合并，修改原子数
3、定义盒子
     editconf -f  complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
     添加溶剂
     genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
     添加离子
     grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top –o ions.tpr
     genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -np 15 -nname CL
4、能量优化
     grompp -f em_real.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
     mdrun –v –deffnm em
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12楼2015-11-11 16:04:54
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by angjzy at 2015-11-11 00:10:54
那就不知道了，因为我用的结构都是核磁或者结晶的，你对接完的结构通不过最小化那就是结构本身不合理，会不会是过程种的top或者itp匹配出现了问题...

现在问题可能就是在我的配体上，请问你们一般用什么软件来生成小分子的拓扑文件？
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13楼2015-11-11 16:09:40
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angjzy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by aizazadi525 at 2015-11-11 16:09:40
现在问题可能就是在我的配体上，请问你们一般用什么软件来生成小分子的拓扑文件？...

gromacs 里直接pdb2gmx就能生成top文件
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14楼2015-11-11 18:06:12
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by aizazadi525 at 2015-11-11 16:09:40
现在问题可能就是在我的配体上，请问你们一般用什么软件来生成小分子的拓扑文件？...

提取出来就不要再对接回去了。提取完之后的坐标是不变的。
用ATB生成itp之后，把他include回去到top里面。（ATB好在不会改你坐标）
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15楼2015-11-12 02:19:01
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