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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
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性别: GG
专业: 高分子合成化学

[求助] 能量优化之后还是大于1000 已有2人参与

小虫刚接触gromacs，现在在对一个自己对接的蛋白复合物进行动力学模拟，在能量优化过程中，使用如下.mdp文件
      ; Title of run
      ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
      integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
      emtol = 1000.0    ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol
      emstep    = 0.01    ; Energy step size
      nsteps = 50000       ; Maximum number of (minimization) steps to perform
      energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk

      ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
         nstlist = 1       ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
         ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
         rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
         coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
         rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off
         rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off
         pbc       = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
   但是运行总是很快就结束了，返回结果说：
   Stepsize too small, or no change in energy.
   Converged to machine precision,
   but not to the requested precision Fmax< 1000
   试着调了几个参数，如把nsteps调整为100000，或把emstep调整为0.02或0.03，但还是出现同样的结果。想着不报错就继续运行，但是在NVT平衡的时候，就会出现LINCE WARNING,出现太多程序就自动停止了。
   有没有哪位大神知道一下，这种情况该如何处理。谢谢了！！

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1楼 2015-11-06 17:30:57

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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

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引用回帖:

10楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-10 22:13:49
你的蛋白pdb本身是复合物晶体对么？如果是结晶出来的就没必要优化了。如果是复合物原本的配体，就没必要对接了。直接用复合物结构模拟。
如果不是原配体，对接步骤这块应该也没什么问题。
还有个问题：你的小分子 ...

我的蛋白pdb原来就是复合物晶体，把里边原来存在的配体提取出来，通过对接把我们自己的配体放进去。
我的小分子配体是通过PRODRG网站在线生成拓扑文件，将其中的两个文件一个另存为.gro文件，一个另存为.itp文件，动力学模拟的过程就是按照GROMACS软件的教程的步骤来进行的。
1、先将配体从复合物中抽提出来
   grep HL 1O83.pdb > HL.pdb
2、分别准备蛋白的拓扑文件和配体的拓扑文件，并将配体的拓扑文件和蛋白的拓扑文件合并，修改原子数
3、定义盒子
   editconf -f  complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
   添加溶剂
   genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
   添加离子
   grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top –o ions.tpr
   genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -np 15 -nname CL
4、能量优化
   grompp -f em_real.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
   mdrun –v –deffnm em