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aizazadi525铁杆木虫 (正式写手)
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能量优化之后还是大于1000 已有2人参与
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小虫刚接触gromacs，现在在对一个自己对接的蛋白复合物进行动力学模拟，在能量优化过程中，使用如下.mdp文件 ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 但是运行总是很快就结束了，返回结果说： Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax< 1000 试着调了几个参数，如把nsteps调整为100000，或把emstep调整为0.02或0.03，但还是出现同样的结果。想着不报错就继续运行，但是在NVT平衡的时候，就会出现LINCE WARNING,出现太多程序就自动停止了。 有没有哪位大神知道一下，这种情况该如何处理。谢谢了！！  2015-11-06_172833.png  2015-11-06_172803.png  2015-11-06_172600.png |
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aizazadi525
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我的蛋白pdb原来就是复合物晶体，把里边原来存在的配体提取出来，通过对接把我们自己的配体放进去。 我的小分子配体是通过PRODRG网站在线生成拓扑文件，将其中的两个文件一个另存为.gro文件，一个另存为.itp文件，动力学模拟的过程就是按照GROMACS软件的教程的步骤来进行的。 1、先将配体从复合物中抽提出来 grep HL 1O83.pdb > HL.pdb 2、分别准备蛋白的拓扑文件和配体的拓扑文件，并将配体的拓扑文件和蛋白的拓扑文件合并，修改原子数 3、定义盒子 editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0 添加溶剂 genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro 添加离子 grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top –o ions.tpr genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -np 15 -nname CL 4、能量优化 grompp -f em_real.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr mdrun –v –deffnm em |
12楼2015-11-11 16:04:54
angjzy
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【答案】应助回帖
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aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
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aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
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只能说你自己对接的这个构象，无法被能量最小化到1000以内。（报错写的很清楚） 楼上说的方法可能可行。 若不行，还是仔细要看看你对接的结果 |
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aizazadi5253楼2015-11-09 02:10:58
aizazadi525
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