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aizazadi525铁杆木虫 (正式写手)
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[求助]
能量优化之后还是大于1000 已有2人参与
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小虫刚接触gromacs，现在在对一个自己对接的蛋白复合物进行动力学模拟，在能量优化过程中，使用如下.mdp文件 ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 但是运行总是很快就结束了，返回结果说： Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax< 1000 试着调了几个参数，如把nsteps调整为100000，或把emstep调整为0.02或0.03，但还是出现同样的结果。想着不报错就继续运行，但是在NVT平衡的时候，就会出现LINCE WARNING,出现太多程序就自动停止了。 有没有哪位大神知道一下，这种情况该如何处理。谢谢了！！  2015-11-06_172833.png  2015-11-06_172803.png  2015-11-06_172600.png |
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aizazadi525
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你好！我的蛋白是直接从PDB数据库中下载的，使用Chimera软件修复了氨基酸残基，里边的配体是我们自己分离得到的。我用sybyl软件构建了配体的三维结构、并进行了能量优化、构象优化。随后使用了Surflex dock模块进行了对接，在对接前对蛋白进行了加氢、加电荷及一些优化。对对接结果另存为PDB文件，然后进行MD模拟。这就是我的试验流程。我自己在网上也百度了一些解决方法，如2楼说的修改原子的坐标、修改integrator参数为cg、修改emstep为0.00001等方法，输出结果还是stepsize too small。你说的这个优化蛋白，可不可以给以个具体的方法？谢谢了！ |
9楼2015-11-10 13:33:48
angjzy
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【答案】应助回帖
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aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 11:07:28
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只能说你自己对接的这个构象，无法被能量最小化到1000以内。（报错写的很清楚） 楼上说的方法可能可行。 若不行，还是仔细要看看你对接的结果 |
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aizazadi5253楼2015-11-09 02:10:58
aizazadi525
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4楼2015-11-09 15:32:34
