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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
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红花: 7
帖子: 625
在线: 377.2小时
虫号: 1146537
注册: 2010-11-14
性别: GG
专业: 高分子合成化学

[求助] 能量优化之后还是大于1000 已有2人参与

小虫刚接触gromacs，现在在对一个自己对接的蛋白复合物进行动力学模拟，在能量优化过程中，使用如下.mdp文件
      ; Title of run
      ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
      integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
      emtol = 1000.0    ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol
      emstep    = 0.01    ; Energy step size
      nsteps = 50000       ; Maximum number of (minimization) steps to perform
      energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk

      ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
         nstlist = 1       ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
         ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
         rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
         coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
         rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off
         rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off
         pbc       = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
   但是运行总是很快就结束了，返回结果说：
   Stepsize too small, or no change in energy.
   Converged to machine precision,
   but not to the requested precision Fmax< 1000
   试着调了几个参数，如把nsteps调整为100000，或把emstep调整为0.02或0.03，但还是出现同样的结果。想着不报错就继续运行，但是在NVT平衡的时候，就会出现LINCE WARNING,出现太多程序就自动停止了。
   有没有哪位大神知道一下，这种情况该如何处理。谢谢了！！

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1楼 2015-11-06 17:30:57

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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
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引用回帖:

8楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-10 00:03:27
可以试试先优化一下蛋白（可能你是同源建模）
然后再对接，最后才做复合动力学
...

你好！我的蛋白是直接从PDB数据库中下载的，使用Chimera软件修复了氨基酸残基，里边的配体是我们自己分离得到的。我用sybyl软件构建了配体的三维结构、并进行了能量优化、构象优化。随后使用了Surflex dock模块进行了对接，在对接前对蛋白进行了加氢、加电荷及一些优化。对对接结果另存为PDB文件，然后进行MD模拟。这就是我的试验流程。我自己在网上也百度了一些解决方法，如2楼说的修改原子的坐标、修改integrator参数为cg、修改emstep为0.00001等方法，输出结果还是stepsize too small。你说的这个优化蛋白，可不可以给以个具体的方法？谢谢了！