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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计中的信号肽问题，是从信号肽开始还是从CDS的第一个碱基开始？
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Stridegogogo

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小可爱

[求助] 引物设计中的信号肽问题，是从信号肽开始还是从CDS的第一个碱基开始？ 已有1人参与

设计引物时应该从第一个碱基开始还是从信号肽开始，还是从CDS的第一个碱基开始？
如一个序列 CDS 序列是 57～560， sig_peptide 从 57～119， mat_peptide 从 120～557。应该从第几个开始设计？从第121个开始？
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分子克隆与蛋白结晶
1楼 2015-10-29 10:48:32
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sonny

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，非常感谢。 2015-10-30 21:21:50
看你的需求了，如果你需要表达的蛋白在细胞内自己加工成熟，就从57号位开始设计，如果你只是需要表达成熟后的蛋白，就从120位开始设计！但是很多蛋白都是要定位到特定区域，经过剪切成熟后才发挥功能，所以有时候信号肽很重要，你而不是表达出成熟的蛋白就可以发挥功能这么简单。当然，还是需要通过文献和你自己的实验目的来确定！

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2楼2015-10-29 10:59:08
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sonny

金虫 (著名写手)

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★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-10-30 21:21:56
当然，无论怎样，别忘了起始和终止密码子，所在哺乳动物细胞内做表达，需要在5＇端加入Kozak序列: GCCACCATGG.  ATG为起始密码子！

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3楼2015-10-29 11:03:50
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Stridegogogo

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小可爱
引用回帖:
2楼: Originally posted by sonny at 2015-10-29 10:59:08
看你的需求了，如果你需要表达的蛋白在细胞内自己加工成熟，就从57号位开始设计，如果你只是需要表达成熟后的蛋白，就从120位开始设计！但是很多蛋白都是要定位到特定区域，经过剪切成熟后才发挥功能，所以有时候信 ...

谢谢楼主！我这个酶确实需要翻译后修饰，在内质网上，那我是不是就必须加上信号肽设计引物了？这样的话还可以通过破碎细胞的方法获得目的蛋白吗？它会不会在大肠中表达的时候由于带着信号肽而转移到胞外呀
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分子克隆与蛋白结晶
4楼2015-10-30 09:54:05
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Stridegogogo

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小可爱
引用回帖:
3楼: Originally posted by sonny at 2015-10-29 11:03:50
当然，无论怎样，别忘了起始和终止密码子，所在哺乳动物细胞内做表达，需要在5＇端加入Kozak序列: GCCACCATGG.  ATG为起始密码子！

大神 我的这个蛋白是细菌里的，但是它需要在内质网上翻译后修饰唉，可是我将它表达在大肠中，那我是不是应该设计引物的时候需要带着信号肽啊。。。要不然它怎样修饰成成熟蛋白呢，可问题又来了，在大肠中可以修饰它吗
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分子克隆与蛋白结晶
5楼2015-10-30 10:13:59
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sonny

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by Stridegogogo at 2015-10-30 10:13:59
大神 我的这个蛋白是细菌里的，但是它需要在内质网上翻译后修饰唉，可是我将它表达在大肠中，那我是不是应该设计引物的时候需要带着信号肽啊。。。要不然它怎样修饰成成熟蛋白呢，可问题又来了，在大肠中可以修饰它 ...

这个我不能给你肯定的答案，你需要查文献！要是纯化蛋白，其实直接表达成熟蛋白就可以，关键是你如何去表征你表达出来的酶活性

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6楼2015-10-30 18:28:41
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sonny

金虫 (著名写手)

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引用回帖:
4楼: Originally posted by Stridegogogo at 2015-10-30 09:54:05
谢谢楼主！我这个酶确实需要翻译后修饰，在内质网上，那我是不是就必须加上信号肽设计引物了？这样的话还可以通过破碎细胞的方法获得目的蛋白吗？它会不会在大肠中表达的时候由于带着信号肽而转移到胞外呀...

没有分泌信号肽的话一般不会分泌的胞外。

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7楼2015-10-30 18:30:39
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