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LeonardoChen

金虫 (小有名气)

[交流] 重组质粒转化后提的平板有很多菌落,但是菌落PCR 没有结果。 已有6人参与

重组质粒PET28a,转化到大肠杆菌(BL21),涂布到平板,37℃,培养14h左右,单菌落数有很多然后随机挑取10单菌落,加入50微升无菌水,煮沸40min,做菌落PCR,第一次pcr体系是:10微升buffer ,1微升Taq ,1微升dNTP MIX ,1微升T7引物 ,1微升T7Terminator  ,86微升无菌水。分装每管9微升,再加入1微升煮沸的菌液,进行PCR,跑胶结果显示有阳性克隆,但是测序结果显示都是假阳性。
第二次尝试用另一种方法:10微升buffer ,1微升Taq ,1微升dNTP MIX ,1微升T7Terminator  ,1微升引物R(就是自己刚开始做克隆设计的引物) ,86微升无菌水。分装每管9微升,再加入1微升煮沸的菌液,进行PCR,跑胶结果显示都没有阳性克隆。
PCR反应条件:95℃ 5min,Sample Text   72℃ 10min,4.0℃ pause

各位能不能帮我分析下,为什么单菌落那么多却没有阳性克隆,如果是实验操作的原因最可能会出现在哪一步?谢谢,不甚感激!
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wxb2061

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我们没有做过菌落PCR,转化,就挑单菌落提质粒,然后酶切检测。不过在此,想知道,菌落PCR原理是什么?怎样确认连接与否!新生求告知,谢谢!

发自小木虫Android客户端
走在途中……
7楼2015-10-16 17:36:01
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你这对T7引物可能污染了,你用水做模板跑个PCR试试,看是不是能跑出条带出来。

没有阳性克隆说明你没有把片段连上去呗,如果是双酶切连接的话,可能质粒没有酶切干净。
2楼2015-09-29 09:42:38
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董博士

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有可能是没连上吧,可以用其他模板先试试你的PCR引物及程序问题,如果可以P出来,就说明是重组失败,我感觉如果转化后平板上菌落很多的话,很有可能好多都是自连的,一般平板菌落较少的话,出现阳性克隆的可能性会大,重新做连接吧
医学&统计学
3楼2015-09-30 09:29:14
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
注意做对照吧,菌落PCR,你挑的单克隆是已经经过筛选过的吗
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
4楼2015-09-30 10:38:31
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