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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

[求助] 超级短片段如何PCR或者其他方式引入载体?以及Cre/LoxP问题。。

1、目的片段66bp左右,两边打算加几个酶切位点,加好大约100bp,这个长度好尴尬。。怎么处理比较好?

最终打算做成这个样子(如图)
http://muchongimg.xmcimg.com/data/b ... _1442904607_413.png
其中,黄色对应某模板,蓝色的是我打算在引物两边加的酶切位点。。这个PCR回收效率似乎超级低是吧。。


2、Cre/LoxP系统中的loxP核心序列8bp可以是任意序列么?我知道两个loxP的核心序列要相同或者相反方向,只是这8bp是不是可以任意设计的?
(因为看到百度里这么说的:Cre不仅可以识别LoxP的2个13bp的反向重复序列和8bp的间隔区域,而且当一个13bp的反向重复序列或者8bp的间隔区发生改变时仍能识别并发生重组。利用这一特点,人们在构建载体时可以根据需要改造LoxP位点序列,以用于特定的基因突变或修复,增加了该系统的应用范围。)

3、据说Cre/loxP是可逆过程,那么,两个同向loxP之间的基因敲除的彻底么?两个反向LoxP之间的基因是不是可能被倒装后又正过来了?

超级短片段如何PCR或者其他方式引入载体?以及Cre/LoxP问题。。
xxxx.png
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高gaoeryang

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
PCR短片段可以尝试用IN-FUSION方法进行构建
2楼2015-09-23 14:20:37
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 高gaoeryang at 2015-09-23 14:20:37
PCR短片段可以尝试用IN-FUSION方法进行构建

一直在用infusion,但是没试过这么短的片段。。短片段infusion你试过没?
3楼2015-09-23 14:49:32
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高gaoeryang

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by kangaroo0513 at 2015-09-23 14:49:32
一直在用infusion,但是没试过这么短的片段。。短片段infusion你试过没?...

做过,IN-FUSION可以覆盖0.05-15kb的大小片段。
4楼2015-09-24 16:25:55
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 高gaoeryang at 2015-09-24 16:25:55
做过,IN-FUSION可以覆盖0.05-15kb的大小片段。...

你说的50bp指的是包括同源臂在内50bp还是不包括同源臂只是插入片段就至少要50bp?
5楼2015-09-25 12:46:06
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DanceMacabre

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kangaroo0513: 金币+1, 有帮助, 神马叫100p?难道是pmol?以前做过crispr的退火后连接没成功。。555 2015-09-25 20:26:20
把序列加上酶切位点之后,直接合成。将正反向引物稀释成100P的浓度,各5ul,加水至15ul体系,沸水浴5min,至自然冷却。将载体双酶切,曝露出酶切位点,将退火引物与载体用连接酶连接即可

发自小木虫Android客户端
6楼2015-09-25 13:04:11
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DanceMacabre

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by DanceMacabre at 2015-09-25 13:04:11
把序列加上酶切位点之后,直接合成。将正反向引物稀释成100P的浓度,各5ul,加水至15ul体系,沸水浴5min,至自然冷却。将载体双酶切,曝露出酶切位点,将退火引物与载体用连接酶连接即可
...

金币哦

发自小木虫Android客户端
7楼2015-09-25 13:26:38
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小米粒2015

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by kangaroo0513 at 2015-09-25 12:46:06
你说的50bp指的是包括同源臂在内50bp还是不包括同源臂只是插入片段就至少要50bp?...

Vazyme的one step cloning kit,可以插入50bp-10kb的片段,价格是in-fusion的五分之一。效果没话说,国产第一品牌
8楼2015-09-25 14:22:04
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高gaoeryang

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
kangaroo0513: 金币+4, ★★★很有帮助 2015-09-25 20:24:59
引用回帖:
5楼: Originally posted by kangaroo0513 at 2015-09-25 12:46:06
你说的50bp指的是包括同源臂在内50bp还是不包括同源臂只是插入片段就至少要50bp?...

DNA片段,不含同源臂
9楼2015-09-25 15:42:43
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我等风起

铜虫 (初入文坛)

楼主,不知是否还有cre-loxp系统,可交换不?
10楼2017-02-15 16:15:21
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