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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 测序结果怎么看对不对啊
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HX91926

铜虫 (小有名气)

[求助] 测序结果怎么看对不对啊 已有7人参与

小弟导师做生物化学的，然后需要用几个真核蛋白，于是就转到大肠杆菌里，不表达。
导师说基因是人家处理过的，公司处理的可以在原核表达，公司怎么处理我就不知道了。
于是我就送去测了个序，公司说只有正向成功了，反向不成功，要单向测，我也不懂，就说好。
于是想先把送回来这个正向的看看。在线做的ncbi blast和开放阅读框不太明白。

不明白的是
1.这个开放阅读框最大的也才80个氨基酸，那应该是不太对把，比对结果是与mrna相似，应该是去掉内含子的，那怎么这样？
2，每个阅读框的起始为什么不是甲硫氨酸？起始是怎么算的？
3.blast比对结果具体怎么看，貌似相似度挺高的，有没有可能是一两个基因不对，就不表达？
会不会是测序问题，等单向测序出来了可能就不是这个结果了

测序结果怎么看对不对啊
搜狗截图20150921172104.png


测序结果怎么看对不对啊-1
搜狗截图20150921172121.png


测序结果怎么看对不对啊-2
搜狗截图20150921185622.png
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1楼 2015-09-21 19:01:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xy531483760

金虫 (小有名气)
有，原理我不清楚，我只会做

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比较笨的小虫虫
3楼2015-09-22 00:11:16
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ddj12138

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-09-22 12:11:11
因为DNA是双链结构    单向测序就是只测了一条正向的  内含子一般是不编码氨基酸的  只有外显子才会编码
你可以去Genbank上查找你测的这个序列  看一下你扩增的是什么  另外DNAMAN也可以做碱基和氨基酸的比对  而且是在一个阅读框里
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12楼2015-09-22 09:45:59
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wang1128

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
HX91926: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-28 17:02:04
原核表达是直接把你要表达的基因的ORF序列插到载体上，会含有终止信号，一般不会含有内含子，其他启动子什么的都是直接加已知的。
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23楼2015-09-22 17:50:53
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蓝索道人

木虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by HX91926 at 2015-09-22 16:58:14
真核到原核表达，是需要mrna序列，还是cds序列？还有，测序结果必须与网上人家已经测好的一一对应才能表达吗？差一个都有可能不表达吗？
...

mRNA中的CDS序列，就是从ATG开始到终止密码子中间的序列，不一定核苷酸序列完全一致，只要氨基酸序列没有改变就好，如果你需要改变氨基酸序列，需要做点突变才行

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努力就有收获！
28楼2015-09-23 06:33:36
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halfbeer

捐助贵宾 (小有名气)

这是啥？

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的基因连接到什么载体上?一般载体是自带启动子的所以目的基因可以不带启动子，只是目的基因测序的话，结果里没有启动子很正常
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现在我们能做的就是努力努力再努力
29楼2015-09-23 08:31:12
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HX91926

铜虫 (小有名气)
有木有人
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2楼2015-09-21 23:28:24
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xy531483760

金虫 (小有名气)
orf。。。我们老师让我做的就是找序列，八十多个的很正常

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比较笨的小虫虫
4楼2015-09-22 00:13:46
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xy531483760

金虫 (小有名气)
不是M的原因会不会是蛋白质不完整？我并不是特别懂，但是我实验做的步骤应该和你差不多

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比较笨的小虫虫
5楼2015-09-22 00:15:35
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xy531483760

金虫 (小有名气)
最后一个是提取的纯度，我觉得你们老师能做到这一步，蛋白质纯度应该是问题没问题的把(?????)っ。。。外加说一句学长或者学姐我只是猜想，有什么不对的还请见谅

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比较笨的小虫虫
6楼2015-09-22 00:17:56
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HX91926

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xy531483760 at 2015-09-22 00:13:46
orf。。。我们老师让我做的就是找序列，八十多个的很正常

我这个蛋白绝对有几百个氨基酸，八十怎么可能正常？细菌内没有去除内含子的机智，阅读况中间的是内含子吗？可是又与mrna序列比对相似，所以是不是啊，好奇怪

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7楼2015-09-22 08:13:25
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xy531483760

金虫 (小有名气)
我觉得框里的是不是信号肽啊？

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比较笨的小虫虫
8楼2015-09-22 08:16:49
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xy531483760

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by HX91926 at 2015-09-22 08:13:25
我这个蛋白绝对有几百个氨基酸，八十怎么可能正常？细菌内没有去除内含子的机智，阅读况中间的是内含子吗？可是又与mrna序列比对相似，所以是不是啊，好奇怪
...

(?>ω<*?)那是不是被打断了啊

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比较笨的小虫虫
9楼2015-09-22 08:20:15
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HX91926

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xy531483760 at 2015-09-22 08:16:49
我觉得框里的是不是信号肽啊？

信号肽也是要表达的啊，具体我不懂，打断了能接起来吗？主要这是在原核体内

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10楼2015-09-22 08:30:12
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