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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 测序结果怎么看对不对啊
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HX91926

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2015-09-22 13:15:27
如果你需要的真核蛋白在NCBI上有，你直接找你需要的物种的mRNA，找到CDS，看看表达序列是从多少到多少，然后设计引物，提取mRNA，PCR得到片段，酶切，连接，转化，菌落PCR筛选，送测序后，再转化到表达菌中。不知道 ...

真核到原核表达，是需要mrna序列，还是cds序列？还有，测序结果必须与网上人家已经测好的一一对应才能表达吗？差一个都有可能不表达吗？

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21楼2015-09-22 16:58:14
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HX91926

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by MHSW at 2015-09-22 14:50:56
你这个蛋白分子量大概是多肽的；如果80个氨基酸多肽序列的话；分子量在8000多样子的把；我这里有多肽相关资料的；你可以加我

应该是600氨基酸左右才对啊

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22楼2015-09-22 17:00:45
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wang1128

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
HX91926: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-28 17:02:04
原核表达是直接把你要表达的基因的ORF序列插到载体上，会含有终止信号，一般不会含有内含子，其他启动子什么的都是直接加已知的。
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23楼2015-09-22 17:50:53
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MHSW

禁言 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
24楼2015-09-22 19:23:52
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HX91926

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
24楼: Originally posted by MHSW at 2015-09-22 19:23:52
你打MS是打的LC-MS还是MALDI-TOF/TOF的；你可以加我QQ我们具体聊的...

额，不太懂

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25楼2015-09-22 19:25:59
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ypslly

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先搞清楚你的蛋白有多大，从ncbi找到它的全长编码序列和蛋白序列，反向测序的结果也要有。其次查清楚表达载体及其序列，搞清楚它的启动子和翻译起始位置，将测出来位于atg后面的序列翻译，比对你的目标蛋白。你这个orf是拿测出来的序列去ncbi预测出来的吗？完全不靠谱，别这么做。

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26楼2015-09-22 19:53:32
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HX91926

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
26楼: Originally posted by ypslly at 2015-09-22 19:53:32
首先搞清楚你的蛋白有多大，从ncbi找到它的全长编码序列和蛋白序列，反向测序的结果也要有。其次查清楚表达载体及其序列，搞清楚它的启动子和翻译起始位置，将测出来位于atg后面的序列翻译，比对你的目标蛋白。你这 ...

是啊，因为我们实验室自己做不了重组质粒，所以什么都没有，引物也没有，我就问公司可不可以测，他问我什么质粒，我告诉他是pet30，他说可以测，然后测的就是这个。我是想看看别人给我们做的重组质粒对不对

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27楼2015-09-22 21:45:28
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蓝索道人

木虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by HX91926 at 2015-09-22 16:58:14
真核到原核表达，是需要mrna序列，还是cds序列？还有，测序结果必须与网上人家已经测好的一一对应才能表达吗？差一个都有可能不表达吗？
...

mRNA中的CDS序列，就是从ATG开始到终止密码子中间的序列，不一定核苷酸序列完全一致，只要氨基酸序列没有改变就好，如果你需要改变氨基酸序列，需要做点突变才行

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努力就有收获！
28楼2015-09-23 06:33:36
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halfbeer

捐助贵宾 (小有名气)

这是啥？

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的基因连接到什么载体上?一般载体是自带启动子的所以目的基因可以不带启动子，只是目的基因测序的话，结果里没有启动子很正常
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现在我们能做的就是努力努力再努力
29楼2015-09-23 08:31:12
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ypslly

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
HX91926: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-28 17:03:19
引用回帖:
27楼: Originally posted by HX91926 at 2015-09-22 21:45:28
是啊，因为我们实验室自己做不了重组质粒，所以什么都没有，引物也没有，我就问公司可不可以测，他问我什么质粒，我告诉他是pet30，他说可以测，然后测的就是这个。我是想看看别人给我们做的重组质粒对不对
...

从网上可以找到pet30的全序列和详细信息，包括多克隆位点，启动子，起始翻译翻译位置之类的都有。自己能查清楚的。

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30楼2015-09-23 11:21:19
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