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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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螺旋藻

木虫 (正式写手)

[求助] 弱弱问下: 为什么下载的蛋白质结构会出错呐? 已有2人参与

我从RCSB下载的蛋白质和配体的pdb文件,拆分后,autodock或DS 2.5对接,结合能计算最后会出错,师兄们判断说下载的蛋白质结构的问题,需要以下载的结构为模板,同源建模。

为什么下载的蛋白质结构会出错呐? 不是都是做X-ray 得到的晶体吗?
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mutong1

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
螺旋藻: 金币+3, ★★★很有帮助, 是个行家 2015-09-12 22:03:40
不知道你说的是那个蛋白,但是PDB库中的蛋白有的由于某些侧链活性较大,很难得到其准确的晶体结构,其序列已知,但是pdb文件里面并不全
2楼2015-09-10 01:41:46
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
螺旋藻: 金币+1, 搞蛋白的人觉得很正常 2015-09-12 22:04:56
1:一般下载pdb不会有什么问题
2:能量不对,考虑你的bOX是否设置合理,是否设置在活性中心
3楼2015-09-10 10:46:22
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螺旋藻

木虫 (正式写手)

有听说过配体也不对的情况吗?
4楼2015-09-12 22:08:41
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