24小时热门版块排行榜    

查看: 705  |  回复: 3

螺旋藻

木虫 (正式写手)

[求助] 弱弱问下: 为什么下载的蛋白质结构会出错呐? 已有2人参与

我从RCSB下载的蛋白质和配体的pdb文件,拆分后,autodock或DS 2.5对接,结合能计算最后会出错,师兄们判断说下载的蛋白质结构的问题,需要以下载的结构为模板,同源建模。

为什么下载的蛋白质结构会出错呐? 不是都是做X-ray 得到的晶体吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mutong1

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
螺旋藻: 金币+3, ★★★很有帮助, 是个行家 2015-09-12 22:03:40
不知道你说的是那个蛋白,但是PDB库中的蛋白有的由于某些侧链活性较大,很难得到其准确的晶体结构,其序列已知,但是pdb文件里面并不全
2楼2015-09-10 01:41:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
螺旋藻: 金币+1, 搞蛋白的人觉得很正常 2015-09-12 22:04:56
1:一般下载pdb不会有什么问题
2:能量不对,考虑你的bOX是否设置合理,是否设置在活性中心
3楼2015-09-10 10:46:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

螺旋藻

木虫 (正式写手)

有听说过配体也不对的情况吗?
4楼2015-09-12 22:08:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 螺旋藻 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +15 低垂的野花 2026-07-31 20/1000 2026-08-01 14:10 by gltch
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 18/900 2026-08-01 13:56 by gltch
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 8/400 2026-08-01 13:53 by y4XuShGyllvT
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 7/350 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 微信指数没变化,科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液,是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了,估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[考博] 申请2027年材料/化学类博士 10+3 考研老狗? 2026-07-25 5/250 2026-07-30 19:33 by 白色木鱼
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了? +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么? 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了,我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
请填处理意见