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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 弱弱问下： 为什么下载的蛋白质结构会出错呐？
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螺旋藻

木虫 (正式写手)

[求助] 弱弱问下： 为什么下载的蛋白质结构会出错呐？ 已有2人参与

我从RCSB下载的蛋白质和配体的pdb文件，拆分后，autodock或DS 2.5对接，结合能计算最后会出错，师兄们判断说下载的蛋白质结构的问题，需要以下载的结构为模板，同源建模。

为什么下载的蛋白质结构会出错呐？ 不是都是做X-ray 得到的晶体吗？
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1楼 2015-09-09 23:11:30
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mutong1

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+3, ★★★很有帮助, 是个行家 2015-09-12 22:03:40
不知道你说的是那个蛋白，但是PDB库中的蛋白有的由于某些侧链活性较大，很难得到其准确的晶体结构，其序列已知，但是pdb文件里面并不全
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2楼2015-09-10 01:41:46
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
螺旋藻: 金币+1, 搞蛋白的人觉得很正常 2015-09-12 22:04:56
1:一般下载pdb不会有什么问题
2：能量不对，考虑你的bOX是否设置合理，是否设置在活性中心
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3楼2015-09-10 10:46:22
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螺旋藻

木虫 (正式写手)
有听说过配体也不对的情况吗？
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4楼2015-09-12 22:08:41
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