应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » linux系统下autodock4如何多核计算，以及gromacs里mdrun如何实现多核计算？
71/1返回列表
查看: 1685  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ly1171193313

新虫 (初入文坛)

[求助] linux系统下autodock4如何多核计算，以及gromacs里mdrun如何实现多核计算？ 已有2人参与

各位大神，小弟最近遇到困难，linux系统下如何实现autodock4多核计算，linux命令是什么？设置几个核比较好？
而且gromacs如何实现多核计算，我输入mdrun -nt为什么不管用啊，设置几个核比较好？谢谢各位大哥了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-09-08 21:00:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XYwinne

金虫 (小有名气)
我只知道多核运算的命令

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2015-09-15 10:45:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aileen2010

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

gromacs默认安装的就是多线程的版本 也就是自动分配多核计算 前提是机器是多核的 自动分配的话会根据体系的大小来确定线程的多少
另 如果是MPI并行 则要安装MPI并行版gromacs
赞一下 回复此楼
3楼2015-09-15 20:26:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ly1171193313

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by XYwinne at 2015-09-15 10:45:08
我只知道多核运算的命令

大哥，gromacs的我知道了，现在不知道autodock如何实现多核运算，大哥，你知道命令吗？
谢谢
赞一下 回复此楼
4楼2015-09-17 10:07:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ly1171193313

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aileen2010 at 2015-09-15 20:26:50
gromacs默认安装的就是多线程的版本 也就是自动分配多核计算 前提是机器是多核的 自动分配的话会根据体系的大小来确定线程的多少
另 如果是MPI并行 则要安装MPI并行版gromacs

大哥，gromacs的我知道了，现在不知道autodock如何实现多核运算，大哥，你知道命令吗？
谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2015-09-17 10:07:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XYwinne

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ly1171193313 at 2015-09-17 10:07:42
大哥，gromacs的我知道了，现在不知道autodock如何实现多核运算，大哥，你知道命令吗？
谢谢...

不好意思，没用过autodock。

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2015-09-17 13:52:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinfan709

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

autodock不能并行，单线程

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
7楼2015-09-18 13:58:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ly1171193313 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 找导师 +3 yuanjiabao 2026-08-29 4/200 2026-08-30 08:09 by zjb_nudt
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:39 by ZPa0EcMwuECS
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 07:05 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 06:55 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 06:02 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 05:40 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 01:36 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +4 349506619 2026-08-28 4/200 2026-08-29 22:41 by alongwaytogo
[基金申请] 国社科申报系统有变化 +3 kynobel 2026-08-23 3/150 2026-08-29 21:57 by 余韵清
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭