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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » linux系统下autodock4如何多核计算，以及gromacs里mdrun如何实现多核计算？
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ly1171193313

新虫 (初入文坛)

[求助] linux系统下autodock4如何多核计算，以及gromacs里mdrun如何实现多核计算？ 已有2人参与

各位大神，小弟最近遇到困难，linux系统下如何实现autodock4多核计算，linux命令是什么？设置几个核比较好？
而且gromacs如何实现多核计算，我输入mdrun -nt为什么不管用啊，设置几个核比较好？谢谢各位大哥了
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1楼 2015-09-08 21:00:27
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XYwinne

金虫 (小有名气)
我只知道多核运算的命令

发自小木虫Android客户端
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2楼2015-09-15 10:45:08
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aileen2010

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

gromacs默认安装的就是多线程的版本 也就是自动分配多核计算 前提是机器是多核的 自动分配的话会根据体系的大小来确定线程的多少
另 如果是MPI并行 则要安装MPI并行版gromacs
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3楼2015-09-15 20:26:50
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ly1171193313

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by XYwinne at 2015-09-15 10:45:08
我只知道多核运算的命令

大哥，gromacs的我知道了，现在不知道autodock如何实现多核运算，大哥，你知道命令吗？
谢谢
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4楼2015-09-17 10:07:21
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ly1171193313

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aileen2010 at 2015-09-15 20:26:50
gromacs默认安装的就是多线程的版本 也就是自动分配多核计算 前提是机器是多核的 自动分配的话会根据体系的大小来确定线程的多少
另 如果是MPI并行 则要安装MPI并行版gromacs

大哥，gromacs的我知道了，现在不知道autodock如何实现多核运算，大哥，你知道命令吗？
谢谢
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5楼2015-09-17 10:07:42
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XYwinne

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ly1171193313 at 2015-09-17 10:07:42
大哥，gromacs的我知道了，现在不知道autodock如何实现多核运算，大哥，你知道命令吗？
谢谢...

不好意思，没用过autodock。

发自小木虫Android客户端
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6楼2015-09-17 13:52:37
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jinfan709

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

autodock不能并行，单线程

发自小木虫IOS客户端
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7楼2015-09-18 13:58:29
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