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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » DNA凝胶电泳
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午夜魔兰

银虫 (正式写手)

[交流] DNA凝胶电泳

小弟用的是变性聚丙烯酰胺凝胶分离小于50个碱基的单链DNA，丙烯酰胺浓度20%， 100V电压，跑2-3h。发现DNA条带非常弱，基本看不出碱基，但是marker非常清晰（Low MW DNA Marker，25, 50, 75, 100, 150, 200, 300, 400, 500 bp）。
请问：1，上样的DNA的浓度是多少？开始用60nM没有做条带来，后来用大浓度，大约300nM，还是没有条带，非常弱。
2，需要1500V预电泳吗，我没有进行这一步。
3，我做的实验条件有没有什么问题？
4，50个单链的DNA跑出的条带是对应于marker的25bp还是50bp？ 完全互补配对的双链DNA，每条链都是50个碱基，跑出的条带对应的是50bp还是100bp，谢谢！
DNA凝胶电泳
1.jpg
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小泓杨

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1楼 2015-07-25 11:03:19
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lxzk

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by 午夜魔兰 at 2015-07-27 14:13:38
4.2g尿素，2ml TBE，3ml水，5ml 40%丙烯酰胺，再就是90uL 10% aps和8ul TEMED...

那就是7M尿素，浓度没有什么问题，不过最好后加水补到10ml，直接加3ml水总体积会超过去。那你注意一下上样前变性，再确定一下样品没有降解，应该问题不大。如果实在染不出来，可以考虑化学标记(生物素或者地高辛)或者同位素(磷32)标记，太短的单链DNA有时候就是不好染，你可以把marker也变性一下再跑。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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15楼2015-07-27 19:18:36
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小泓杨

捐助贵宾 (初入文坛)

初出茅庐
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-07-25 19:58:15
午夜魔兰: 金币+3 2015-07-25 20:36:48
预电泳很容易忘。但是，有些事是真理的事就必须做。预电泳的目的就是除去介质中的杂质，如介质为PAG时，还可以清除凝胶中的丙烯酰胺。丙烯酰胺有剧毒，但是聚丙烯酰胺却没有毒。预电泳是设计在加样前的，估计时间为一小时。
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中国的-boy 是一个缺心眼子！
2楼2015-07-25 19:06:05
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匿名

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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3楼2015-07-25 20:02:09
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午夜魔兰

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小泓杨 at 2015-07-25 19:06:05
预电泳很容易忘。但是，有些事是真理的事就必须做。预电泳的目的就是除去介质中的杂质，如介质为PAG时，还可以清除凝胶中的丙烯酰胺。丙烯酰胺有剧毒，但是聚丙烯酰胺却没有毒。预电泳是设计在加样前的，估计时间为 ...

电压多少？
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4楼2015-07-25 20:36:59
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