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季波

木虫 (正式写手)

[交流] 系统发育树相关

最近在看新种鉴定的相关文献，有个问题想请教相关的虫友。我做的是真菌的鉴定，我查阅了最近几年（2010-2015）的新种鉴定的文献，这几年的文献中在构建系统发育树的时候，已经不是单纯运用ITS序列进行建树，而是会将多个基因位点的序列整合到一起，然后用专业的发育树软件（PAUP）进行建树。例如，将ITS,beta-tubulin，calmodulin这三个位点的基因整合到一起，用PAUP软件建树之后，从中选出最合适的树。在这个过程当中，如何将这三个位点的基因整合到一起进行分析？还有用MrBayes软件进行验证，这个软件具体又是怎么用呢？希望得到懂这方面的虫友的耐心回复，谢谢！
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1楼 2015-07-15 22:20:09
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stl409
2楼2015-07-15 23:03:35
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
我也想知道
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3楼2015-07-16 00:18:14
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
路过的看了一下，帮顶，祝福你好运！~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
4楼2015-07-16 05:58:27
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mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)
blessing
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5楼2015-07-16 08:24:29
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季波

木虫 (正式写手)
自己顶一下
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6楼2015-07-16 08:30:58
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xumin-0120

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-07-17 22:54:27
季波: 金币+3, 谢谢回复，评分晚了，不要介意 2015-07-19 17:09:46
三条序列是否能够整合，先要判断一致性，一致性高，可以整合，就是三条序列串联在一起分析；
采用MP法，PAUP最好；MrBaye 则是采用贝叶斯法，不同的方法需要不同的软件分析，建议你先仔细分析你看到文献内容，研究他的分析方法，先重复他 的分析方法，然后再分析自己的数据~ 多读一些这方面的书籍比较好。
推荐一本我在看的书《分子系统发生学》，黄原著~
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7楼2015-07-17 12:15:50
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
季波: 金币+1, 谢谢回复 2015-07-19 17:21:12
只是两种计算模型罢了。百度一下，很简单的。

[ 发自小木虫客户端 ]
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日拱一卒，功不唐捐
8楼2015-07-17 21:55:25
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季波

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xumin-0120 at 2015-07-17 12:15:50
三条序列是否能够整合，先要判断一致性，一致性高，可以整合，就是三条序列串联在一起分析；
采用MP法，PAUP最好；MrBaye 则是采用贝叶斯法，不同的方法需要不同的软件分析，建议你先仔细分析你看到文献内容，研究 ...

在一致性高的前提下，将三条序列串联在一起，是直接将三条序列复制粘贴在一个文本文档中吗？其次，一致性是怎么去判断的，是比对blast的结果，还是建树的结果？还有一点，PAUP是收费软件，我之前安装过小木虫上的PAUP，但是在电脑上运行不了，所以想问问关于软件这块儿可以怎么解决？问题有点多了，希望得到你的耐心回复。
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9楼2015-07-19 17:16:59
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季波

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Crescendo at 2015-07-17 21:55:25
只是两种计算模型罢了。百度一下，很简单的。

谢谢虫友回复，知道是两种计算模型，自己也百度过，但是百度上的没有解决我疑问的地方，可能涉及到具体操作的地方比较多，实验室也没有师兄师姐会，所以自己摸索的时候，问题多多啊。
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10楼2015-07-19 17:21:00
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