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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 如何用琼脂糖凝胶电泳区分相同长度的ssDNA和dsDNA
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yz2007433052

木虫 (职业作家)

[求助] 如何用琼脂糖凝胶电泳区分相同长度的ssDNA和dsDNA 已有3人参与

今天做了一下相同长度dsDNA和ssDNA的分离。如图所示，line1是纯dsDNA，line2是dsDNA+ssDNA（链长均为841 mer或者841 bps），分离条件是：2%的琼脂糖凝胶电泳，200V，30 min。今天没有分出来，我想问一下怎么样才能将800多长度的ssDNA和dsDNA分离开。

如何用琼脂糖凝胶电泳区分相同长度的ssDNA和dsDNA
图片1.jpg
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激浪青春！
1楼 2015-06-24 17:23:53
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yz2007433052

木虫 (职业作家)
帮帮忙撒
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激浪青春！
2楼2015-06-24 21:20:22
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yz2007433052: 金币+33, ★★★很有帮助 2015-06-26 11:26:50
LZ你确定你得到841nt的ssDNA了？你这做的是不对称PCR吧？一般ssDNA的带会出现在dsDNA下方，并伴随杂带和弥散。你这图既无杂带又无明显弥散，很难说你得到ssDNA了。line2明显亮了不少，条带相对单一，先不考虑你点样量的差异，我感觉line2仍是dsDNA.你可以跑个DNA native page验证下，以在你dsDNA上方是否出带为准，我感觉你现在的任务不是分离，而是分析一下你制备ssDNA的方法是否可靠！

[ 发自小木虫客户端 ]
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大家相互帮助哈
3楼2015-06-25 02:55:25
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yz2007433052

木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by luwei13566 at 2015-06-25 02:55:25
LZ你确定你得到841nt的ssDNA了？你这做的是不对称PCR吧？一般ssDNA的带会出现在dsDNA下方，并伴随杂带和弥散。你这图既无杂带又无明显弥散，很难说你得到ssDNA了。line2明显亮了不少，条带相对单一，先不考虑你点样 ...

谢谢！我尝试用了不对称PCR，但是没有得到理想中的条带，于是改变了策略，首先通过PCR后切胶回收，得到纯度较高的841dsDNA，然后以841dsDNA为模板，只加一条引物进行引物延伸，line1是我纯化出来的dsDNA，line2是我以line的dsDNA为模板进行延伸后所得到的产物。按照道理来说的话，line2里边比line1亮的部分应该肯定是ssDNA吧，因为在进行引物延伸的时候我只加了一条引物
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激浪青春！
4楼2015-06-26 11:26:27
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zxdhzau11

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 2015-06-27 22:52:10
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-06-27 22:52:21
改用8%的胶，2%的胶肯定不能分出来
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5楼2015-06-27 22:38:41
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lanlantuo0

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你可以跑两次电泳  在制胶的时候 染色 一个加EB （染双链），另一份加Goldview（染单链）
对比两次电泳图 先看看是条带是dsDNA还是ssDNA再说~
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6楼2015-06-28 10:29:29
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baichi121234

禁虫 (职业作家)
本帖内容被屏蔽
7楼2015-06-28 11:04:22
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lanlantuo0

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by baichi121234 at 2015-06-28 11:04:22
EB （染双链），Goldview（染单链）
真的吗
...

差不多吧 反正跑出来的结果是这样的
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8楼2015-06-29 08:35:12
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yzq6098273

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lanlantuo0 at 2015-06-28 10:29:29
你可以跑两次电泳  在制胶的时候 染色 一个加EB （染双链），另一份加Goldview（染单链）
对比两次电泳图 先看看是条带是dsDNA还是ssDNA再说~

Goldview也可以染双链DNA
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天外飞仙
9楼2020-01-05 15:51:02
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602059625

金虫 (知名作家)
Fractionation of Nucleic Acids into Single-Stranded and Double-Stranded Forms，1996，Nucleic Acids Research
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[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=填写姓名&say=这里填写您想说的内容。[/img][/url]
10楼2020-01-09 20:30:43
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