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菜鸟都不算

新虫 (小有名气)

[求助] 用Origin怎么做这样的HOMO-LUMO能级图?求详细 已有2人参与

我是用Gaussian算出来的结果想要做出这样的图。请详细教授,谢谢了!!!

用Origin怎么做这样的HOMO-LUMO能级图?求详细
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小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1:从你的log文件中,找到如下的表述:
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.41160  -0.41003  -0.40475  -0.40430  -0.40417
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.40379  -0.40290  -0.39842  -0.39804  -0.39458
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.39440  -0.39419  -0.39259  -0.38971  -0.38854
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.37816  -0.37801  -0.37355  -0.37332  -0.36794
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.36549  -0.35652  -0.34648  -0.32921  -0.32739
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.32367  -0.32279  -0.31354  -0.31335  -0.29704
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.29622  -0.29324  -0.28800  -0.28353  -0.28338
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.25827  -0.25767  -0.25536  -0.25429  -0.24041
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.24023  -0.22502  -0.22458
Alpha virt. eigenvalues --   -0.05754  -0.03972  -0.02434  -0.02300  -0.01075
Alpha virt. eigenvalues --   -0.01057   0.00541   0.00872   0.01059   0.01677
Alpha virt. eigenvalues --    0.02628   0.02645   0.04299   0.04403   0.05251
Alpha virt. eigenvalues --    0.05487   0.05969   0.06093   0.06690   0.06719
Alpha virt. eigenvalues --    0.11598   0.11953   0.12239   0.12785   0.12904
Alpha virt. eigenvalues --    0.13369   0.13512   0.13561   0.13639   0.14255
Alpha virt. eigenvalues --    0.14826   0.15297   0.16253   0.16310   0.17036
当然,数据可以更多或者更少。
2:在origin】中,x坐标全部设置为1  Y坐标就把上面的数据输入,置于输入多少或者单位换算,这些你应该都知道。然后点击作图,作出来的应该是全是一些小点点。
3:origin中双击,设置symbol中的size,以及昨天这个倒三角形的样式,改为横线就ok了
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
2楼2015-06-23 16:34:52
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小范范1989

木虫 (著名写手)

sorry,第三条中的昨天,打错了,是左边。
ps:上面是我做能级图的时候的方式,不一定准确,希望高手们多多指点。
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
3楼2015-06-23 16:36:08
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

引用回帖:
3楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-06-23 16:36:08
sorry,第三条中的昨天,打错了,是左边。
ps:上面是我做能级图的时候的方式,不一定准确,希望高手们多多指点。

你好,你帮我回答过好多问题了,首先谢谢你。
在这里又遇到你了,顺便问你个问题吧。
我也在做NBO分析,但是刚刚开始学习NBO。
1. NBO分析的关键词是不是pop=nbo还是nboread还是其他的什么?
2. 分析数据时哪些时候需要把.chk文件变成.fchk文件呢?请问如何变幻?哪些时候直接分析.chk就可以了?
3. 计算完nbo的.out文件里是否有关于HOMO-LUMO前线轨道的数据呢?请问如何把数据提取出来呢?

谢谢,别笑话我哦~~~~~~~~~
4楼2015-06-23 22:04:56
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chw5842036

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by lastzealot at 2015-06-23 22:04:56
你好,你帮我回答过好多问题了,首先谢谢你。
在这里又遇到你了,顺便问你个问题吧。
我也在做NBO分析,但是刚刚开始学习NBO。
1. NBO分析的关键词是不是pop=nbo还是nboread还是其他的什么?
2. 分析数据时哪些 ...

你说的nbo可以在高斯view中选择,里面有nbo这个选择,至于fchk,一般都是在Linux系统吧chk文件转换成fchk,因为在win下只能打开Linux系统运行的fchk文件,格式是formchk 文件加上chk 文件加上fchk, 看轨道的话需要fchk文件才能查看,out文件是不能查看的

[ 发自小木虫客户端 ]
相信自己,不放弃
5楼2015-06-23 22:30:36
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

引用回帖:
5楼: Originally posted by chw5842036 at 2015-06-23 22:30:36
你说的nbo可以在高斯view中选择,里面有nbo这个选择,至于fchk,一般都是在Linux系统吧chk文件转换成fchk,因为在win下只能打开Linux系统运行的fchk文件,格式是formchk 文件加上chk 文件加上fchk, 看轨道的话需要 ...

谢谢你得帮助,但是我还是没看懂
1. gview里面哪里有nbo选项?我怎么没找到?
2. 在linux系统下请问如何把chk转换成fchk,用哪个命令呢?
    formchk file.chk file.fchk
    请问是这种格式吗?
3. 转换成fchk后是不是用gview打开就可以了?


谢谢
6楼2015-06-23 22:53:10
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小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lastzealot at 2015-06-23 22:04:56
你好,你帮我回答过好多问题了,首先谢谢你。
在这里又遇到你了,顺便问你个问题吧。
我也在做NBO分析,但是刚刚开始学习NBO。
1. NBO分析的关键词是不是pop=nbo还是nboread还是其他的什么?
2. 分析数据时哪些 ...

你客气了,我们 交流问题,怎么会有笑话之说的。谁都是从不懂开始,慢慢接触,最后到熟悉,最后的术业专攻。
1:这个NBO的计算是一个很重要的计算,我当时也是偶尔看看,因为我还没有真正的用到,你看看sob老师的这个帖子
http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
以及小木虫beefly大神的帖子,等等
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1585328
2:转化为fchk,需要用到高斯自带的formchk程序,你要是再linux下转换,需要用到/路径/formchk  file.chk  file.fchk
要是再window下转化,有个utilities 里面的formchk就可以转换了
3:可以吧计算的log文件(或者是out文件),放到高斯view中,然后点击一个类似于8的按钮,上面是绿色,下面是红色,在高斯view的第四行,会出现一个图像,里面有分子轨道,你一看就明白了
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
7楼2015-06-24 07:47:03
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

引用回帖:
7楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-06-24 07:47:03
你客气了,我们 交流问题,怎么会有笑话之说的。谁都是从不懂开始,慢慢接触,最后到熟悉,最后的术业专攻。
1:这个NBO的计算是一个很重要的计算,我当时也是偶尔看看,因为我还没有真正的用到,你看看sob老师的 ...

非常感谢,我找到那个8了。
8楼2015-06-24 10:02:13
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gx730

金虫 (正式写手)

楼主好,想请问一下这样的能级图能得到什么样的信息呢?
和lomo homo轨道图要结合分析吗?
非常感谢
9楼2015-06-24 11:21:27
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