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lammps进行分子动力学模拟之前是不是一定要进行结构优化？ 已有1人参与
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本人是菜鸟，还没入分子动力学模拟的门，摸索很久，依然在门外徘徊。 有好些个问题请教大家， 1)是不是用lammps进行计算之前一定要对结构进行优化？ 2)lammps自身是否可以对于结构优化？ 3)如果lammps不能进行优化，推荐一下进行结构优化的软件？linux系统与window系统，哪些软件更适合？ 4)gaussian 03在win7系统计算时，离子液体的阳离子总是算着算着就出现2070错误（换过其他的基组与函数方法），而较小的阴离子计算正常 。有没有高手告诉遇到过同样问题，如何解决的？ 5)gaussian 09在linux系统安装时，总是无法正常安装。按照某一个教程，发现解压之后的文件包里没有configure文件，所以无法进行下一步。高手们是如何克服的？ 求各位踊跃发言，感激不尽！！！ |
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4楼2015-06-17 08:38:00
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【答案】应助回帖
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逐条回答一下，不一定正确，抛砖引玉 1)是不是用lammps进行计算之前一定要对结构进行优化？ A: 看你是什么目的了，如果最终要得到液态之类的，不需要优化，驰誉时间长点就好了。 2)lammps自身是否可以对于结构优化？ A: 可以，基于势的最稳态结构 3)如果lammps不能进行优化，推荐一下进行结构优化的软件？linux系统与window系统，哪些软件更适合？ A: 我认为能，所以不存在这个问题。另外，结构优化好象更侧重于用第一性原理计算的吧，优化一下结构，然后算能带之类的。 4)gaussian 03在win7系统计算时，离子液体的阳离子总是算着算着就出现2070错误（换过其他的基组与函数方法），而较小的阴离子计算正常 。有没有高手告诉遇到过同样问题，如何解决的？ A: 不懂 5)gaussian 09在linux系统安装时，总是无法正常安装。按照某一个教程，发现解压之后的文件包里没有configure文件，所以无法进行下一步。高手们是如何克服的？ A:同上。 楼主是做高斯的？量子化学，与lammps有点远吧。  好运  |
2楼2015-06-16 09:26:01
3楼2015-06-16 22:56:04
abinitio
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