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women0517

铜虫 (小有名气)

[交流] 不小心被紫外照射后的DNA,有什么补救方法吗??急求! 已有9人参与

之前做的大批量的DNA实验。有次不小心放置在紫外灯下一会儿,自从那次之后,再做pcr跑电泳,均无条带。有时拿几个DNA样本做实验,会有不太明显的条带,但远没有之前的亮度了。
请教一下各位大神,有没有什么办法可以挽救这种现状??如果我下次提高pcr体系中所加DNA的量,会不会跑出的条带亮度效果会好一些??
自从被紫外照射后,做的pcr结果很不稳定,有时会有几个条带,但有时基本什么都没有。我的DNA样本量很大,接近100例,所以如果再重新提取的话,要耗费极大的人力和时间。
求大神指点一二!!不胜感激!!
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神的圣诞结

新虫 (小有名气)

继续观察,可能会发现新科学。。。。俺瞎说的。。。。

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9楼2015-06-02 08:24:44
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丝状真君

新虫 (初入文坛)

嘧啶二聚体啊大哥,这真没办法了
4楼2015-06-01 23:58:14
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普通回帖

晞朔

金虫 (正式写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-06-02 23:12:30
紫外照射,是会发生突变的。就算你P出来的带是符合你要求的,序列也可能发生变化。建议重提吧
2楼2015-06-01 16:59:19
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xmcliulei

银虫 (小有名气)

这个真没办法,建议你重新提取吧~一百个基因组还行吧,我一天就能干50个基因组~加油哦~
3楼2015-06-01 23:56:58
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luwei13566

木虫 (正式写手)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-06-02 23:12:56
1 你的样品是基因组?100来个样品难道都被紫外线照过了?为什么放紫外线下啊?样品是怎么样被紫外线照的?样品是怎样存放的?
2  在紫外线下照射了一会,具体是多长时间?
3  被照射到现在间隔了多长时间?

你的PCR扩增效率降低很可能是嘧啶二聚体导致的,增大模板量会提高一些PCR产物,但是后续是测序构建进化树,异元表达一类的实验这种扩增产物都用不成,关键看你后续试验了,最好重新提了。

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大家相互帮助哈
5楼2015-06-02 01:35:11
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lxzk

木虫 (正式写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-06-02 23:13:14
可以使用CPD photolyase和(6-4)PP photolyase 修复两种嘧啶二聚体。不过这两种酶没有商品化,你没有办法搞到的话也可以用NEB的PreCR Repair Mix,可以修复CPD,不能修复(6-4)PP。不过CPD比(6-4)PP要多5到10倍,能把CPD修复了应该对你的实验有帮助。
6楼2015-06-02 03:18:56
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lxzk

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-06-01 16:59:19
紫外照射,是会发生突变的。就算你P出来的带是符合你要求的,序列也可能发生变化。建议重提吧

紫外产生突变是在细胞内发生的,体外条件下只会产生各种DNA损伤。不过用低保真度或者bybass聚合酶强行复制的话是有可能引入突变的。
7楼2015-06-02 03:22:18
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rivermeng

银虫 (正式写手)

重做吧,突变是随机的,没法改回去了

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8楼2015-06-02 07:07:00
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fahai

新虫 (小有名气)

用普通光照,细菌经紫外照射诱变后,可以用普通白光照射,DNA具有一定光照修复的能力,可减少突变概率。但你这个纯的DNA不知道可不可以这样做。

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加油
10楼2015-06-02 08:40:47
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