| 查看: 551 | 回复: 2 | |||
xzhfood荣誉版主 (著名写手)
|
[求助]
如何得到accession no和相似度的？已有1人参与
|
|
看到一篇PANS上的文章，里面菌株测序后进行生物信息学分析，但是不知道里面的accession no和相似度如何得到的？ Direct cloning and refactoring of a silent lipopeptide biosynthetic gene cluster yields the antibiotic taromycin A 作者是这样描述的： Bioinformatics Analysis of the tar Gene Cluster. The draft genome of Saccharomonospora sp. CNQ-490 was sequenced at the Joint Genome Institute (project ID: 407426). The bioinformatics program antiSMASH (http://antismash.secondarymetabolites.org/) (53) was initially used to analyze the whole genome sequence. The sequence of the orphan 67-kb NRPS gene cluster tar encoded on contig-9 (B126DRAFT_scaffold 9.10; 14,775–81,515 nt) was further analyzed and annotated using FramePlot 3.0 (54) (http://watson.nih.go.jp/～jun/cgi-bin/frameplot-3.0b.pl) and BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov). The amino acid specificity codes for adenylation domains in NRPS enzymes were analyzed using NRPSpredictor2 (http://nrps.informatik.uni-tuebi ... ler?cmd=SubmitJob). 序列信息：见附件。 就是途中黑框所示的两列是如何得到的？谢谢，搞了好几天了，郁闷啊。  Snap1.jpg |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : CNQ-490.rar
2015-05-18 22:27:12, 22.12 K
» 猜你喜欢
为什么蛋白质氨基酸测定大家都测17种?
已经有5人回复
-
《灰分记：我与坩埚的“灰烬”之恋》
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有165人回复
-
求助 食品检验工（基础知识），中国劳动社会出版社 电子版
已经有5人回复
-
胶体几丁质的结晶度？
已经有0人回复
-
诚挚招收全日制博士！！！中国农业科学院麻类研究所谭志坚研究员课题组招收博士
已经有2人回复
-
三甲基羟乙基丙二胺的合成路线
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
从酶的氨基酸序列查找编码它的核苷酸序列的注册号（Accession No.)
已经有6人回复- 请问如何比较曲线相似度
已经有12人回复
- 用16S测序鉴定单一菌株的困惑
已经有15人回复
- 我的英文综述与一篇中文相似度高，如何写回复意见
已经有12人回复
- 如何检测SCI英文论文内容的相似度（可能拒稿？）
已经有8人回复
- 怎样寻找两组相似度为80%和70%的同源基因？并利用mrBayes和PhyML构建进化树？
已经有3人回复
- 如何获取序列登录号
已经有7人回复
- NCBI上申请基因登录号
已经有5人回复
- 如何将CDF文件导入到中药色谱指纹图谱相似度评价系统A版软件！！
已经有7人回复
- 安捷伦气相色谱数据如何导入指纹图谱相似度软件A？
已经有15人回复
- GenBank 登录号怎么确定？急！
已经有3人回复
- 细菌鉴定--blast后一定要再到Genbank中检索才能确定什么菌，得到accession number吗？
已经有12人回复
- 【求助/交流】关于genbank里细菌命名的问题
已经有4人回复
lxj341401
至尊木虫 (著名写手)
- MolEPI: 58
- 应助: 388 (硕士)
- 贵宾: 0.238
- 金币: 17138.7
- 红花: 43
- 帖子: 2251
- 在线: 712.4小时
- 虫号: 111074
- 注册: 2005-11-20
- 专业: 生物化学
2楼2015-05-19 10:31:17
xzhfood
荣誉版主 (著名写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 贵宾: 22.859
- 金币: 712.2
- 散金: 31
- 红花: 23
- 帖子: 1820
- 在线: 837小时
- 虫号: 6596
- 注册: 2003-04-11
- 专业: 食品科学基础
3楼2015-05-19 23:00:00