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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » Bader电荷分析中性分子为什么会带少量负电？
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jhr0311

铜虫 (小有名气)

[求助] Bader电荷分析中性分子为什么会带少量负电？ 已有2人参与

Bader analysis计算三原子分子体系的电荷，将分子放在一个大的box中。期望得出的总电荷量是0，但是得出的电荷量分别为+0.9874，-0.5045，-0.5037，相加之后带大约0.02的负电荷。
请问这是我计算的问题还是bader analysis或者程序的不准确性引起的？

谢谢！
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1楼 2015-05-14 13:51:56
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jhr0311

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-16 01:15:03
如果你使用Henkelman group的bader code的话，有可能是你使用的fft grid mesh不够，建议增加NGX NGY NGZ NGXF NGXYF NGXZF

One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the cor ...

谢谢回答。我用的是abinit上的bader analysis，不知道会不会有些不准确。不过加大grid mesh确实可以试试
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We're Man United, we do what we want!
5楼2015-05-20 13:43:54
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-05-16 06:58:14
可能是数值误差，可以尝试提高Bader计算的精度参数
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2楼2015-05-14 14:58:13
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jhr0311

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-05-14 14:58:13
可能是数值误差，可以尝试提高Bader计算的精度参数

谢谢，理论上来说bader得出的分子一定是电中性吗？
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We're Man United, we do what we want!
3楼2015-05-15 01:05:43
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果你使用Henkelman group的bader code的话，有可能是你使用的fft grid mesh不够，建议增加NGX NGY NGZ NGXF NGXYF NGXZF

One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the correct total core charge. It is essential to do a few calculations, increasing NG(X,Y,Z)F until the total charge is correct.

ref：http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
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4楼2015-05-16 01:15:03
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