24小时热门版块排行榜    

查看: 1339  |  回复: 4

jhr0311

铜虫 (小有名气)

[求助] Bader电荷分析中性分子为什么会带少量负电? 已有2人参与

Bader analysis计算三原子分子体系的电荷,将分子放在一个大的box中。期望得出的总电荷量是0,但是得出的电荷量分别为+0.9874,-0.5045,-0.5037,相加之后带大约0.02的负电荷。
请问这是我计算的问题还是bader analysis或者程序的不准确性引起的?

谢谢!
回复此楼
We're Man United, we do what we want!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-05-16 06:58:14
可能是数值误差,可以尝试提高Bader计算的精度参数
2楼2015-05-14 14:58:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhr0311

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-05-14 14:58:13
可能是数值误差,可以尝试提高Bader计算的精度参数

谢谢,理论上来说bader得出的分子一定是电中性吗?
We're Man United, we do what we want!
3楼2015-05-15 01:05:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awdawdawdd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果你使用Henkelman group的bader code的话,有可能是你使用的fft grid mesh不够,建议增加NGX NGY NGZ NGXF NGXYF NGXZF

One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the correct total core charge. It is essential to do a few calculations, increasing NG(X,Y,Z)F until the total charge is correct.

ref:http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
4楼2015-05-16 01:15:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jhr0311

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-16 01:15:03
如果你使用Henkelman group的bader code的话,有可能是你使用的fft grid mesh不够,建议增加NGX NGY NGZ NGXF NGXYF NGXZF

One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the cor ...

谢谢回答。我用的是abinit上的bader analysis,不知道会不会有些不准确。不过加大grid mesh确实可以试试
We're Man United, we do what we want!
5楼2015-05-20 13:43:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jhr0311 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯,如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗? 200+5 David1982 2026-10-13 8/400 2026-10-14 21:38 by lhw_GPA4.0
[硕博家园] 中科院海洋所招收海洋材料相关领域博士研究生及研究助理 +3 sujiner 2026-10-08 4/200 2026-10-14 20:40 by qicaiyun
[职场人生] 40+中年人失业后,还能找到好工作吗? +3 xqy2009 2026-10-13 3/150 2026-10-14 20:17 by 43358052
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +4 好运来~9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费,对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
信息提示
请填处理意见