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汕头大学海洋科学接受调剂
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jhr0311

铜虫 (小有名气)

[求助] Bader电荷分析中性分子为什么会带少量负电? 已有2人参与

Bader analysis计算三原子分子体系的电荷,将分子放在一个大的box中。期望得出的总电荷量是0,但是得出的电荷量分别为+0.9874,-0.5045,-0.5037,相加之后带大约0.02的负电荷。
请问这是我计算的问题还是bader analysis或者程序的不准确性引起的?

谢谢!
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果你使用Henkelman group的bader code的话,有可能是你使用的fft grid mesh不够,建议增加NGX NGY NGZ NGXF NGXYF NGXZF

One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the correct total core charge. It is essential to do a few calculations, increasing NG(X,Y,Z)F until the total charge is correct.

ref:http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
4楼2015-05-16 01:15:03
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-05-16 06:58:14
可能是数值误差,可以尝试提高Bader计算的精度参数
2楼2015-05-14 14:58:13
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jhr0311

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-05-14 14:58:13
可能是数值误差,可以尝试提高Bader计算的精度参数

谢谢,理论上来说bader得出的分子一定是电中性吗?
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3楼2015-05-15 01:05:43
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jhr0311

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-16 01:15:03
如果你使用Henkelman group的bader code的话,有可能是你使用的fft grid mesh不够,建议增加NGX NGY NGZ NGXF NGXYF NGXZF

One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the cor ...

谢谢回答。我用的是abinit上的bader analysis,不知道会不会有些不准确。不过加大grid mesh确实可以试试
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5楼2015-05-20 13:43:54
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