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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何显示对接后蛋白结合口袋的截面图
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lyxdjdj

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何显示对接后蛋白结合口袋的截面图 已有2人参与

本人从事分子模拟不久，已经通过Autodock Vina对一些分子进行对接。分析对接结果的时候不知道如何显示蛋白口袋的截面图，以更直观地看到小分子在什么程度上适应蛋白口袋。附图是Autodock Vina官网上显示的对接结果图，请问如何可以做这样的图？
我已经试过用Pymol的present-Ligand site和ADT里面的Protein surface，可是都不能得到附件中所示的样子。麻烦高手支招有什么软件可以做到吗？麻烦给详细的作图步骤~~~小女子感激不尽~~~~

另外，请问有什么软件可以用于虚拟筛选得到的小分子superimpose还有结构分析？分析官能团，氢键受体供体，极性，亲脂性和骨架？谢谢大家！

如何显示对接后蛋白结合口袋的截面图
Untitled.jpg
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1楼 2015-05-14 02:47:40
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lyxdjdj

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 后觉 at 2015-05-14 09:38:23
在选择小分子配体之后zoom，就可以看到截面。可以使用鼠标滚轮调节截面的深浅。

请问显示图中所示的样子?按照pymol只可以看到小分子周围形成的口袋，并不是蛋白口袋，可是想达到图中那么清晰的蛋白口袋图以及配体，该如何做？
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3楼2015-05-15 06:51:47
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后觉

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在选择小分子配体之后zoom，就可以看到截面。可以使用鼠标滚轮调节截面的深浅。
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2楼2015-05-14 09:38:23
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

用pymol软件就可以
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5楼2016-07-11 16:15:38
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