| 查看: 15283 | 回复: 24 | |||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||
[交流]
xmgrace学习
|
|||||||
|
以前学MD，得到很多帮助，也许MD人共性：乐于分享 对于用惯linux下的人画图有点不方便，gnuplot虽然挺不错，但是不能直接在图上操作，是它一大缺陷。简单介绍一下grace xmgrace 可以直接用sudo apt—get install xmgrace 安装;也可以下载软件包 ：官网 http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ grace 和 xmgrace差不多，具体区别自己看网上。 几个网址： Discussions讨论区 http://plasma-gate.weizmann.ac.i ... 95761e69142e08939d3 An Xmgrace Tutorial http://mintaka.sdsu.edu/reu/grace.tutorial.html#toc1 Grace Tutorials （个人觉得非常好的） http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/Tutorial.html Grace/Xmgrace (Xmgr) http://math.nyu.edu/aml/software/xmgrace.html Grace User's Guide http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/UsersGuide.html 以下说一下通郭学习 Grace Tutorials 的总结，如有不对，请指正： 首先下载grace-5.1.25 Grace Tutorials 教程实例文件在grace-5.1.25/doc下面（Tutorial.pdf也在）。还有一些做好的图例在grace-5.1.25/examples ，从那里可以看到grace也是挺强大的。 1 简单画图，可以 在工作目录下 打开终端，输入 ” xmgrace file （文件名 一般引号里面为命令）“，如果多列数据，即X Y1 Y2...，可以“xmgrace -nxy file” 加上-nxy就可以了，多条曲线了。xmgace支持的格式很多xvg dat 很多文本格式。 2 也可以在终端“xmgrace ”不带文件名，打开空白的xmgrace 再自己导入。点击菜单 Data/Import/ASCII 在files下框框选择文件 ：注意好像 只有后缀.dat才显示。xvg 格式不显示，自己改一下后缀就可以了，点一下OK就可以。 3 也可以自己用表格创建 ，在终端“xmgrace ”不带文件名，打开空白的xmgrace ，点击菜单Main:Edit/Data_sets... 窗口，在上面那空白的大框框，一直右击按住出现菜单移动 （右击还不要放开） 选creat new 选in spreadsheet（这里还有另外三个（如编写公式输入）自己摸索） 打开表格，就可以输入x y 数值 。 4 先说保存，画好了就保存片，File/print_setup 在device 选格式，我常选 png ，输入想要的名字，点aceept 退出窗口，按一下ctrl + p 就保存了看看目录是否有图片文件 其实是File/print 就可以。。最好记住快捷键 5 刚才说道多列数据，如果想要第1 3列画图，咋办，可以终端 xmgrace -block o9_o10_rdf01.dat（我的文件名） -bxy 1:3 其中-bxy 就是选 1 3列 也可以在-nxy打开多条曲线后，点击图上的曲线，出现set appearance 窗口 的select set 选中不要的数据列 长按右击 选hide就可以了; 说到这里，说一下数据处理 看命令xmgrace -nosafe -nxy box.xvg -pexec "s0.y=(s0.y*s1.y)/64" -pexec "kill s1" -pexec "autoscale" 文件里三列数据，时间 盒子x大小 盒子y大小，计算膜表面的area prea lipid是x*y/64 怎么计算，就像上面那样用 -pexec 输入参数命令，就可以了。输出的图像就是 x轴是时间 y轴是apl。 更具体详看教程。 6 还是再说一些多列数据的情况 ， Main  ata/Import/ASCII 选好dat文件后 在中间那里看到load as 了吧，点一下选block data ，后点ok 跳出来框框，x from column 自己选y from column，选好就可以。如果都选 1,会是什么图像，猜一下，是45都直线y=x。 那里可以选偏差条，就是xydy 自己摸索了 7 说一下图外观设置（具体的坐标轴文字大小、间距、范围，图片标题，线条粗、细颜色等），可以双击相应的地方（orange类似），（自己体会）也可以plot /plot appearance Legends 图例--- 就是多条曲线时小框用不同颜色标记出来 frame 画出的图的框框 ， tick label 就是坐标的下面的 坐标间隔标度 1 2 3 4 5 6 tick mark 就是坐标轴的 突起的刻度 如 1 头上对应轴有个突起 leg.box 在标题窗口里面. 可以调整图例的位置; 里面的location设置就可以了 axis placement 用处在 y 轴 坐标在-1.5~1.5 范围时,坐标轴若在y=-1.5 处 就去(zreo axis)点一下就可以了. 图像的四个角可以拉大拉小的，如果不合适自己调， 如果有多条曲线，出现了图例与曲线重叠了 可以试试下面方法： 拖动图例的方法,Ctrl-L +单击 ,就可以使箭头变手形,拖动图例了.如还不行,双击再试看可以了吗. 也可以在appearance 更改。 记住在set appearance 要在窗口里面的select set 位置选相应的s0 s1.... main标签下的Legend 就是图例，你可以给每条曲线标记不同名字以便区分。 还有说一下 画布左边的按钮 ，就说一个AS代表恢复（图片设置的外观不变的，好）。所以你按钮按错了，就点他就行了。 8 说一多图并列的问题 有时候要一个画布放多张图， xmgrace 打开Main:Edit/Arrange_graphs.对话框框 填写几rows 几 columns，点应用 ，就出来四个坑了（假设2*2格式），具体外观，可以在刚才的框框里继续调节，点击各个坑点击向 步骤2那样选好文件进来就可以。具体其他调节参看前面的7步骤操作。 可以用命令输入制作 ，加上指令就可以了 -pexec "arrange ( 2, 2, .1, .1,.1,ON,ON,ON)" 前面的连个 2 代表2 *2排列 加上-graph 更好，代表的是后面接的文件放在哪个位置，从0开始数 xmgrace -graph 2 10_rdf.xvg -graph 1 11.dat -graph 0 rdf01.dat -graph 3 rdf.dat -pexec "arrange(2,2,.1,.1,.1,ON,ON,ON )" 9 内嵌图形。 说实话。xmgrace 做内嵌图像，我现在也没太好方法，希望会的人能介绍一下。 有时候我们需要同一图像两条曲线，也就是双y轴表示的量不同，如： 坐标x表示时间 左边y轴代表压力 右边y轴代表是温度 打开Main:Edit/overlay_graphs 点中在overlay graph 的G0 右击 选creat new，出现了另一个空数据集。然后overlay graph和on to 反正同连个数据集就可以 点同意，就两个图的， 看是一个，自己点一下四周点移动，就看见了。然后一个一个添加数据了。刚才说了内嵌图形还记得吗，这里也可以把其中一个图拉小移动做为一个内嵌图。具体靠自己去实践了。 10 数据的拟合 （实例有自己去学） data /tramsformation 就这些了吧。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs | 喜欢啥就收藏啥 | Photonic Crystal | VASP |
» 猜你喜欢
食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂
已经有8人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
311（085601）求调剂
已经有4人回复
-
305求调剂
已经有4人回复
-
一志愿北化085600材料专硕275|有文章专利｜求调剂
已经有7人回复
-
一志愿华理，数一英一285求A区调剂
已经有12人回复
-
289求调剂
已经有11人回复
-
生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338
已经有6人回复
-
321求调剂
已经有7人回复
-
343求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs进行分子模拟时，pdb2gmx不认识小分子残基，怎么办，以及如何导入糖的力场
已经有8人回复
- 大量處理(作圖)二維數據的好工具 - xmgrace
已经有12人回复
- Band structure of Si within GW and VASP
已经有63人回复
- [软件交流]您在使用哪些免费视图、分析软件呢？
已经有23人回复
- 求教xmgrace的使用
已经有8人回复
- pwscf4.3.2画能带图
已经有14人回复
- 求教林相改造项目的保障措施大概要写什么？
已经有4人回复
- 电子态密度怎么画图啊？
已经有4人回复
- 【教程】BioEdit中文和英文使用说明书【已搜索无重复】
已经有605人回复
- 【求助】求Xmgrace在CentOS下如何安装
已经有8人回复
- 【求助】若问xmgrace的使用
已经有4人回复
- 【分享】用命令xmgrace直接将Abinit计算结果画成二维图。
已经有4人回复
- 【求助成功】怎么使用DOSCAR画出DOS图形
已经有23人回复
- 【转帖】强烈推荐使用phonopy计算声子谱
已经有44人回复
- 【求助】gnuplot画图软件【已完结】
已经有15人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
【强推｜可留校】济南大学博士后招聘（水利工程/铁锰碳环境过程）
+1/287
-
西南科大辐射防护材料课题组接收材料与化学背景硕士研究生
+3/134
-
中飞院航空锂电池团队接受硕士生调剂
+1/74
-
青岛科技大学生物工程学院招调剂硕士研究生
+1/71
-
天津科技大学-（院士团队）先进纤维与纸基功能材料团队 招收硕士生
+1/41
-
西京学院土木水利 2026 级研究生招生
+2/40
-
长江师范学院 材料与化工专业 招收调剂学生
+1/40
-
中国石油大学（北京）国家级大人才团队博士招生1名：化学、材料、石油工程：油田化学
+1/38
-
沈阳农业大学生物与医药专硕招收调剂生！！！！！！！！！！
+1/37
-
招收材料、化学类调剂生，专硕学硕均可
+1/33
-
三峡大学材化学院李东升校长团队接收化学类硕士调剂
+1/21
-
南京林业大学化工院有机合成方向硕士招调剂
+1/14
-
【水文、水质模拟】香港科技大学（广州）博士后招聘
+1/6
-
哈尔滨工业大学(深圳)国家级青年人才机械工程、热能与能源等专业26年入学博士招生
+1/5
-
Top-88悉尼科技大学数据科学/AI 招收2027年入学 校奖 博士生1到2名(国际和本地学生）
+1/5
-
上海交通大学陈倩栎课题组招收2026年申请-考核博士生1名（能源材料方向）
+1/5
-
武汉纺织大学国家杰青课题组诚招调剂硕士研究生
+1/3
-
金属材料先进连接技术
+1/2
-
武汉纺织大学2026年招收硕士研究生【高性能、功能纺织复合材料方向】
+1/2
-
香港大学 化学系 博后招聘
+1/1
17楼2018-12-10 11:06:23
6楼2015-05-09 15:38:26
9楼2015-05-09 16:02:45
10楼2015-05-09 16:05:29
