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好好学习444

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[交流] xmgrace学习

以前学MD，得到很多帮助，也许MD人共性：乐于分享
对于用惯linux下的人画图有点不方便，gnuplot虽然挺不错，但是不能直接在图上操作，是它一大缺陷。简单介绍一下grace
xmgrace 可以直接用sudo apt—get install xmgrace 安装;也可以下载软件包：官网 http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
grace 和 xmgrace差不多，具体区别自己看网上。

几个网址：  Discussions讨论区 http://plasma-gate.weizmann.ac.i ... 95761e69142e08939d3
         An Xmgrace Tutorial  http://mintaka.sdsu.edu/reu/grace.tutorial.html#toc1
         Grace Tutorials （个人觉得非常好的） http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/Tutorial.html
         Grace/Xmgrace (Xmgr) http://math.nyu.edu/aml/software/xmgrace.html
         Grace User's Guide    http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/UsersGuide.html

以下说一下通郭学习 Grace Tutorials 的总结，如有不对，请指正：
首先下载grace-5.1.25  Grace Tutorials 教程实例文件在grace-5.1.25/doc下面（Tutorial.pdf也在）。还有一些做好的图例在grace-5.1.25/examples
，从那里可以看到grace也是挺强大的。

1    简单画图，可以  在工作目录下打开终端，输入  ” xmgrace file （文件名一般引号里面为命令）“，如果多列数据，即X Y1 Y2...，可以“xmgrace -nxy file”
加上-nxy就可以了，多条曲线了。xmgace支持的格式很多xvg dat 很多文本格式。

2    也可以在终端“xmgrace ”不带文件名，打开空白的xmgrace 再自己导入。点击菜单 Data/Import/ASCII  在files下框框选择文件  ：注意好像只有后缀.dat才显示。xvg
格式不显示，自己改一下后缀就可以了，点一下OK就可以。

3    也可以自己用表格创建，在终端“xmgrace ”不带文件名，打开空白的xmgrace ，点击菜单Main:Edit/Data_sets... 窗口，在上面那空白的大框框，一直右击按住出现菜单移动
（右击还不要放开）选creat new 选in spreadsheet（这里还有另外三个（如编写公式输入）自己摸索）  打开表格，就可以输入x y 数值。

4    先说保存，画好了就保存片，File/print_setup 在device 选格式，我常选 png ，输入想要的名字，点aceept 退出窗口，按一下ctrl + p 就保存了看看目录是否有图片文件
其实是File/print 就可以。。最好记住快捷键

5 刚才说道多列数据，如果想要第1 3列画图，咋办，可以终端  xmgrace  -block o9_o10_rdf01.dat（我的文件名） -bxy 1:3 其中-bxy 就是选 1 3列
也可以在-nxy打开多条曲线后，点击图上的曲线，出现set appearance 窗口的select set  选中不要的数据列长按右击选hide就可以了;

说到这里，说一下数据处理  看命令xmgrace -nosafe -nxy box.xvg -pexec "s0.y=(s0.y*s1.y)/64" -pexec "kill s1" -pexec "autoscale"
文件里三列数据，时间盒子x大小盒子y大小，计算膜表面的area prea lipid是x*y/64  怎么计算，就像上面那样用 -pexec 输入参数命令，就可以了。输出的图像就是 x轴是时间
y轴是apl。更具体详看教程。

6 还是再说一些多列数据的情况， Main

ata/Import/ASCII 选好dat文件后  在中间那里看到load as 了吧，点一下选block data  ，后点ok 跳出来框框，x from column  自己选
y from column，选好就可以。如果都选 1,会是什么图像，猜一下，是45都直线y=x。  那里可以选偏差条，就是xydy  自己摸索了

7 说一下图外观设置（具体的坐标轴文字大小、间距、范围，图片标题，线条粗、细颜色等），可以双击相应的地方（orange类似），（自己体会）也可以plot /plot appearance
Legends 图例--- 就是多条曲线时小框用不同颜色标记出来
frame 画出的图的框框，
tick label  就是坐标的下面的坐标间隔标度 1 2 3  4 5 6
tick mark 就是坐标轴的  突起的刻度  如 1 头上对应轴有个突起
leg.box 在标题窗口里面.  可以调整图例的位置;  里面的location设置就可以了
axis placement 用处在 y 轴坐标在-1.5~1.5 范围时,坐标轴若在y=-1.5 处  就去(zreo axis)点一下就可以了.
图像的四个角可以拉大拉小的，如果不合适自己调，如果有多条曲线，出现了图例与曲线重叠了可以试试下面方法：
拖动图例的方法,Ctrl-L +单击  ,就可以使箭头变手形,拖动图例了.如还不行,双击再试看可以了吗. 也可以在appearance 更改。

记住在set appearance 要在窗口里面的select set 位置选相应的s0 s1.... main标签下的Legend 就是图例，你可以给每条曲线标记不同名字以便区分。

还有说一下画布左边的按钮，就说一个AS代表恢复（图片设置的外观不变的，好）。所以你按钮按错了，就点他就行了。

8 说一多图并列的问题有时候要一个画布放多张图，
xmgrace 打开Main:Edit/Arrange_graphs.对话框框  填写几rows 几 columns，点应用，就出来四个坑了（假设2*2格式），具体外观，可以在刚才的框框里继续调节，点击各个坑点击向
步骤2那样选好文件进来就可以。具体其他调节参看前面的7步骤操作。
可以用命令输入制作  ，加上指令就可以了
-pexec "arrange ( 2, 2, .1, .1,.1,ON,ON,ON)"          前面的连个 2 代表2 *2排列
加上-graph 更好，代表的是后面接的文件放在哪个位置，从0开始数
xmgrace -graph 2 10_rdf.xvg -graph 1 11.dat -graph 0 rdf01.dat -graph 3 rdf.dat -pexec "arrange(2,2,.1,.1,.1,ON,ON,ON )"

9 内嵌图形。
说实话。xmgrace 做内嵌图像，我现在也没太好方法，希望会的人能介绍一下。
有时候我们需要同一图像两条曲线，也就是双y轴表示的量不同，如：坐标x表示时间左边y轴代表压力右边y轴代表是温度
打开Main:Edit/overlay_graphs 点中在overlay graph 的G0  右击选creat new，出现了另一个空数据集。然后overlay graph和on to 反正同连个数据集就可以点同意，就两个图的，
看是一个，自己点一下四周点移动，就看见了。然后一个一个添加数据了。刚才说了内嵌图形还记得吗，这里也可以把其中一个图拉小移动做为一个内嵌图。具体靠自己去实践了。

10  数据的拟合（实例有自己去学）  data /tramsformation
就这些了吧。

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