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jordanlau

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助qPCR实验问题,请高人指教or讨论~谢谢 已有3人参与

本人实验欲比较2种细胞 4种处理(3实验组1对照组) 18个基因(含1个内参) 的相对变化,算上每个样品的三个重复,简而言之就是检测 2种细胞 12个样品的18个基因相对变化,实验室仪器是ABI 48孔的仪器,现在请教各位高手如何安排检测样品的摆放?

如下方案:
1、每次检测所有样品的同一个基因(24个样品,准备第一次A基因16样品,第二次B基因16样品,第三次做A、B基因剩下的8样品)
2、每次检测一个样品的所有基因(18个基因还得分两次,先做16个,把9个样品的最后2个基因一起做)

以上方案并非每次反应都有内参,是否妥当?
如果不妥,则如下方案:
3、每次检测都有内参,一次检测8个样品的同一个基因(做54次PCR!)
4、每次检测都有内参,一次检测1个样品的15个基因(剩下2个基因最后一起做)

实验室前辈建议用第1种方案,但是就是不知道这样做的误差能否容忍。
做了如下对比,同一样品,同样参数,测ACTB,上午下午跑的Ct值都不一样,有的差距大于2,当然,这里面误差可以是机器原因,也有可能是枪头、加样,人为等系统误差

不过,另一方面想,考虑这个问题的原因主要是机器误差,误差变化方向应该是一致的,做相对定量的话,这个问题貌似又可以忽略。

请各位高手不吝赐教,谢谢!
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WHABnew

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同一批次每次都用内参,不然肯定不准。就是把模板换成水在两个板子上座的CT值都可能不一样的
4楼2015-05-27 09:26:36
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lansong9783

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议选3,每次都要有内参来标准化。还有最好有复孔
2楼2015-05-11 04:16:26
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jordanlau

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lansong9783 at 2015-05-11 04:16:26
建议选3,每次都要有内参来标准化。还有最好有复孔

感谢您!
3楼2015-05-26 21:55:17
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yxy71

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

问个问题,样品和对照组的浓度都要调成一致吗?
梦想天空,独自漂泊。
5楼2015-12-24 22:42:25
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