应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 分子优化总是出错，请大家帮忙
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1386  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

smalldog

铁虫 (小有名气)

[求助] 分子优化总是出错，请大家帮忙

我用高斯优化一个有机分子但是run一会就stop，急求帮助，先谢谢大家
输入文件如下
%chk=cyanine.chk
%nprocshared=8
%rwf=1.rwf

%mem=2000MW
# opt b3lyp/3-21g* geom=connectivity pop=reg test

cyanine

-1 1
N 0   -4.720453   -4.120573    0.182235
C 0   -3.827670   -3.065976    0.144572
C 0   -4.585020   -1.738038    0.117240
C 0   -6.004544   -2.289498    0.145707
C 0   -7.170977   -1.524607    0.135699
C 0   -8.419267   -2.157148    0.162723
C 0   -8.476485   -3.555548    0.202356
C 0   -7.312998   -4.328973    0.213459
C 0   -6.067841   -3.692569    0.184391
C 0   -4.250362   -5.522014    0.202592
C 0   -4.357472   -0.892019    1.379703
C 0   -4.382289   -0.954988   -1.189091
S 0   -9.957700   -1.200960    0.149999
O 0  -10.611856   -1.544380    1.405011
O 0  -10.675585   -1.674723   -1.025220
O 0   -9.586367    0.203571    0.064244
C 0    3.437735    2.288000   -0.032231
C 0    2.725418    3.642977   -0.115429
C 0    3.936503    4.553584   -0.153769
N 0    4.807179    2.484652   -0.033908
C 0    5.156164    3.861124   -0.105370
C 0    6.353420    4.585419   -0.135017
C 0    6.312333    5.979245   -0.215520
C 0    5.094917    6.670367   -0.266139
C 0    3.899176    5.945942   -0.233601
C 0    1.882705    3.928023    1.137442
C 0    1.907544    3.788607   -1.408182
C 0    5.768718    1.369041    0.008037
S 0    5.097144    8.478500   -0.374326
O 0    3.706086    8.905250   -0.402018
O 0    5.809632    8.770733   -1.610421
O 0    5.806156    8.917143    0.819729
C 0    2.661991    1.133539    0.020117
C 0    3.033220   -0.240250    0.108538
C 0    2.180185   -1.349761    0.114013
C 0    0.769098   -1.259276    0.055358
C 0   -0.077258   -2.392457    0.050097
C 0   -1.464563   -2.187518    0.079708
C 0   -2.444398   -3.219665    0.130645
C 0   -5.231107   -6.697822    0.214974
C 0    7.283020    1.589979   -0.056756
C 0    0.529899   -3.776774    0.012312
C 0    1.953427   -3.753801   -0.554005
C 0    2.806940   -2.726501    0.192603
H 0   -7.094701   -0.427507    0.106291
H 0   -9.452747   -4.067898    0.225587
H 0   -7.426095   -5.418444    0.245034
H 0   -3.606882   -5.676626   -0.698705
H 0   -3.606719   -5.650953    1.107633
H 0   -5.024587   -0.001101    1.395928
H 0   -3.320005   -0.505727    1.460215
H 0   -4.562730   -1.483881    2.300917
H 0   -5.051062   -0.066433   -1.236433
H 0   -4.603420   -1.591597   -2.076102
H 0   -3.347405   -0.571594   -1.307464
H 0    7.340502    4.111763   -0.098028
H 0    7.263639    6.536504   -0.239775
H 0    2.925090    6.455990   -0.272110
H 0    1.464699    4.959584    1.118461
H 0    1.018398    3.232717    1.223727
H 0    2.492562    3.826953    2.064154
H 0    1.493535    4.816717   -1.511925
H 0    2.534326    3.583808   -2.306010
H 0    1.041348    3.090882   -1.433781
H 0    5.539127    0.704605   -0.860990
H 0    5.593173    0.816963    0.963718
H 0    1.581243    1.332088   -0.020141
H 0    4.096769   -0.494913    0.177160
H 0    0.288714   -0.270265    0.040560
H 0   -1.812205   -1.145866    0.077679
H 0   -2.055708   -4.246204    0.165465
H 0   -4.681307   -7.668003    0.217319
H 0   -5.860081   -6.697097    1.133732
H 0   -5.871696   -6.706258   -0.695856
H 0    7.822165    0.613845   -0.038811
H 0    7.654314    2.159137    0.825233
H 0    7.585352    2.092847   -1.003286
H 0    0.533734   -4.187159    1.049525
H 0   -0.066194   -4.460735   -0.635532
H 0    1.922238   -3.486869   -1.638345
H 0    2.413368   -4.768255   -0.477372
H 0    3.832516   -2.731867   -0.246318
H 0    2.898864   -3.009566    1.267644

stop后的log文件如下
Entering Gaussian System, Link 0=/home_soft/soft/x86_64/apps/Chem/Gaussian03/g03/g03
Input=cyanine4.gjf
Output=cyanine4.log
Initial command:
/home_soft/soft/x86_64/apps/Chem/Gaussian03/g03/l1.exe /pbs/cn35/pub08/z07-8823/Gau-4441.inp -scrdir=/pbs/cn35/pub08/z07-8823/
Entering Link 1 = /home_soft/soft/x86_64/apps/Chem/Gaussian03/g03/l1.exe PID=      4449.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2004,2007, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
This is the Gaussian(R) 03 program.  It is based on the
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 03, Revision E.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven,
K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota,
R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao,
H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg,
V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain,
O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari,
J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford,
J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz,
I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham,
C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill,
B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople,
Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.

******************************************
Gaussian 03:  EM64L-G03RevE.01 11-Sep-2007
                23-Sep-2011
******************************************
%chk=cyanine.chk
%nprocshared=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
%rwf=1.rwf
%mem=2000MW
-------------------------------------------------
# opt b3lyp/3-21g* geom=connectivity pop=reg test
-------------------------------------------------
1/14=-1,18=20,26=3,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=5,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20/3(3);
2/9=110/2;
6/19=2,28=1/1;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=5,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20/3(-5);
2/9=110/2;
6/19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-------
cyanine
-------
Symbolic Z-matrix:
Charge = -1 Multiplicity = 1
N                    0    -4.72045  -4.12057   0.18224
C                    0    -3.82767  -3.06598   0.14457
C                    0    -4.58502  -1.73804   0.11724
C                    0    -6.00454  -2.2895    0.14571
C                    0    -7.17098  -1.52461   0.1357
C                    0    -8.41927  -2.15715   0.16272
C                    0    -8.47649  -3.55555   0.20236
C                    0    -7.313    -4.32897   0.21346
C                    0    -6.06784  -3.69257   0.18439
C                    0    -4.25036  -5.52201   0.20259
C                    0    -4.35747  -0.89202   1.3797
C                    0    -4.38229  -0.95499  -1.18909
S                    0    -9.9577   -1.20096   0.15
O                    0    -10.61186  -1.54438   1.40501
O                    0    -10.67558  -1.67472  -1.02522
O                    0    -9.58637   0.20357   0.06424
C                    0     3.43773   2.288    -0.03223
C                    0     2.72542   3.64298  -0.11543
C                    0     3.9365    4.55358  -0.15377
N                    0     4.80718   2.48465  -0.03391
C                    0     5.15616   3.86112  -0.10537
C                    0     6.35342   4.58542  -0.13502
C                    0     6.31233   5.97925  -0.21552
C                    0     5.09492   6.67037  -0.26614
C                    0     3.89918   5.94594  -0.2336
C                    0     1.88271   3.92802   1.13744
C                    0     1.90754   3.78861  -1.40818
C                    0     5.76872   1.36904   0.00804
S                    0     5.09714   8.4785   -0.37433
O                    0     3.70609   8.90525  -0.40202
O                    0     5.80963   8.77073  -1.61042
O                    0     5.80616   8.91714   0.81973
C                    0     2.66199   1.13354   0.02012
C                    0     3.03322  -0.24025   0.10854
C                    0     2.18019  -1.34976   0.11401
C                    0     0.7691   -1.25928   0.05536
C                    0    -0.07726  -2.39246   0.0501
C                    0    -1.46456  -2.18752   0.07971
C                    0    -2.4444   -3.21966   0.13065
C                    0    -5.23111  -6.69782   0.21497
C                    0     7.28302   1.58998  -0.05676
C                    0     0.5299   -3.77677   0.01231
C                    0     1.95343  -3.7538   -0.55401
C                    0     2.80694  -2.7265    0.1926
H                    0    -7.0947   -0.42751   0.10629
H                    0    -9.45275  -4.0679    0.22559
H                    0    -7.4261   -5.41844   0.24503
H                    0    -3.60688  -5.67663  -0.69871
H                    0    -3.60672  -5.65095   1.10763
H                    0    -5.02459  -0.0011    1.39593
H                    0    -3.32001  -0.50573   1.46022
H                    0    -4.56273  -1.48388   2.30092
H                    0    -5.05106  -0.06643  -1.23643
H                    0    -4.60342  -1.5916   -2.0761
H                    0    -3.34741  -0.57159  -1.30746
H                    0     7.3405    4.11176  -0.09803
H                    0     7.26364   6.5365   -0.23978
H                    0     2.92509   6.45599  -0.27211
H                    0     1.4647    4.95958   1.11846
H                    0     1.0184    3.23272   1.22373
H                    0     2.49256   3.82695   2.06415
H                    0     1.49354   4.81672  -1.51193
H                    0     2.53433   3.58381  -2.30601
H                    0     1.04135   3.09088  -1.43378
H                    0     5.53913   0.70461  -0.86099
H                    0     5.59317   0.81696   0.96372
H                    0     1.58124   1.33209  -0.02014
H                    0     4.09677  -0.49491   0.17716
H                    0     0.28871  -0.27027   0.04056
H                    0    -1.81221  -1.14587   0.07768
H                    0    -2.05571  -4.2462    0.16547
H                    0    -4.68131  -7.668     0.21732
H                    0    -5.86008  -6.6971    1.13373
H                    0    -5.8717   -6.70626  -0.69586
H                    0     7.82217   0.61385  -0.03881
H                    0     7.65431   2.15914   0.82523
H                    0     7.58535   2.09285  -1.00329
H                    0     0.53373  -4.18716   1.04953
H                    0    -0.06619  -4.46074  -0.63553
H                    0     1.92224  -3.48687  -1.63835
H                    0     2.41337  -4.76825  -0.47737
H                    0     3.83252  -2.73187  -0.24632
H                    0     2.89886  -3.00957   1.26764

End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in /home_soft/soft/x86_64/apps/Chem/Gaussian03/g03/l101.exe at Fri Sep 23 15:01:38 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 18.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      8 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

lywiailyw

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

smalldog

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-09-23 20:14:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

【答案】应助回帖

smalldog(金币+5): 很有帮助 2011-09-26 15:05:37
输入文件中删除“geom=connectivity ”即可。
赞一下 回复此楼
愿好运与快乐伴随你！
2楼2011-09-24 08:19:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-09-29 16:13:03
删除 geom=connectivity。如果想保留 geom=connectivity，那么必须在分子坐标部分之后空一行输入各个原子之间的连接性。如果是通过GVIEW创建输入文件，那么连接性情况会直接随同geom=connectivity关键词而存在于输入文件中。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-09-25 16:56:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smalldog

铁虫 (小有名气)
送鲜花一朵
谢谢大家的帮忙
回复此楼
4楼2011-09-28 09:32:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

178130920

新虫 (初入文坛)
但是我在Gview里面把geom=connectivity的选项勾掉了，最后它还是自动生成，怎么办，一直出错。
赞一下 回复此楼
5楼2011-10-30 21:11:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

showcat

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3226047楼: Originally posted by 178130920 at 2011-10-30 21:11:41:
但是我在Gview里面把geom=connectivity的选项勾掉了，最后它还是自动生成，怎么办，一直出错。

最终只要在输入文件里，关键词部分，把“geom=conectivity"删掉就好了。
赞一下 回复此楼
化工人，初入计算领域
6楼2012-03-20 10:07:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 smalldog 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂（085602，过四级，一志愿985） +23 化工人999 2026-04-04 24/1200 2026-04-07 20:16 by 芒果笑鹌鹑
[考研] 085602调剂 初试总分335 +3 19123253302 2026-04-06 3/150 2026-04-07 18:00 by jp9609
[考研] 081700，311，求调剂 +17 冬十三 2026-04-04 18/900 2026-04-07 12:50 by Sammy2
[考研] 286求调剂 +20 Faune 2026-04-06 20/1000 2026-04-07 11:33 by 诗与自由
[考研] 材料科学与工程320求调剂，080500 +8 黄瓜味薯片 2026-04-06 8/400 2026-04-07 11:13 by wangjy2002
[考研] 085600，321分求调剂 +14 大馋小子 2026-04-04 15/750 2026-04-06 22:58 by qlm5820
[考研] 308求调剂 +11 墨墨漠 2026-04-06 11/550 2026-04-06 22:56 by 875465
[考研] 085405软件工程301分求调剂，专硕可跨专业，四六级已过 +3 静静想想 2026-04-05 3/150 2026-04-06 15:23 by nepu_uu
[考研] 0703化学 +9 goldtt 2026-04-02 11/550 2026-04-06 10:35 by 无际的草原
[考研] 348求调剂 +6 wukira 2026-04-04 6/300 2026-04-05 18:11 by 猪会飞
[考研] 272求调剂 +4 电气李 2026-04-05 4/200 2026-04-05 10:41 by lbsjt
[考博] 申博 +7 IQwQl 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:32 by mumin1990
[考研] 292分，材料与化工，申请调剂 +22 程晴之 2026-04-01 26/1300 2026-04-04 22:03 by hemengdong
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 309求调剂 +6 刘刘刘1231 2026-04-02 7/350 2026-04-04 13:41 by liucky
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 求调剂 +8 akdhjs 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by 戴维ING
[硕博家园] 求老师收留 +9 lllq123 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:48 by 呼吸都是减肥
[考研] 261求B区调剂 +5 明仔· 2026-04-01 7/350 2026-04-02 11:17 by 邹尉尉
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭