应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 分子优化总是出错，请大家帮忙
61/1返回列表
查看: 1528  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

smalldog

铁虫 (小有名气)

[求助] 分子优化总是出错，请大家帮忙

我用高斯优化一个有机分子但是run一会就stop，急求帮助，先谢谢大家
输入文件如下
%chk=cyanine.chk
%nprocshared=8
%rwf=1.rwf

%mem=2000MW
# opt b3lyp/3-21g* geom=connectivity pop=reg test

cyanine

-1 1
N 0   -4.720453   -4.120573    0.182235
C 0   -3.827670   -3.065976    0.144572
C 0   -4.585020   -1.738038    0.117240
C 0   -6.004544   -2.289498    0.145707
C 0   -7.170977   -1.524607    0.135699
C 0   -8.419267   -2.157148    0.162723
C 0   -8.476485   -3.555548    0.202356
C 0   -7.312998   -4.328973    0.213459
C 0   -6.067841   -3.692569    0.184391
C 0   -4.250362   -5.522014    0.202592
C 0   -4.357472   -0.892019    1.379703
C 0   -4.382289   -0.954988   -1.189091
S 0   -9.957700   -1.200960    0.149999
O 0  -10.611856   -1.544380    1.405011
O 0  -10.675585   -1.674723   -1.025220
O 0   -9.586367    0.203571    0.064244
C 0    3.437735    2.288000   -0.032231
C 0    2.725418    3.642977   -0.115429
C 0    3.936503    4.553584   -0.153769
N 0    4.807179    2.484652   -0.033908
C 0    5.156164    3.861124   -0.105370
C 0    6.353420    4.585419   -0.135017
C 0    6.312333    5.979245   -0.215520
C 0    5.094917    6.670367   -0.266139
C 0    3.899176    5.945942   -0.233601
C 0    1.882705    3.928023    1.137442
C 0    1.907544    3.788607   -1.408182
C 0    5.768718    1.369041    0.008037
S 0    5.097144    8.478500   -0.374326
O 0    3.706086    8.905250   -0.402018
O 0    5.809632    8.770733   -1.610421
O 0    5.806156    8.917143    0.819729
C 0    2.661991    1.133539    0.020117
C 0    3.033220   -0.240250    0.108538
C 0    2.180185   -1.349761    0.114013
C 0    0.769098   -1.259276    0.055358
C 0   -0.077258   -2.392457    0.050097
C 0   -1.464563   -2.187518    0.079708
C 0   -2.444398   -3.219665    0.130645
C 0   -5.231107   -6.697822    0.214974
C 0    7.283020    1.589979   -0.056756
C 0    0.529899   -3.776774    0.012312
C 0    1.953427   -3.753801   -0.554005
C 0    2.806940   -2.726501    0.192603
H 0   -7.094701   -0.427507    0.106291
H 0   -9.452747   -4.067898    0.225587
H 0   -7.426095   -5.418444    0.245034
H 0   -3.606882   -5.676626   -0.698705
H 0   -3.606719   -5.650953    1.107633
H 0   -5.024587   -0.001101    1.395928
H 0   -3.320005   -0.505727    1.460215
H 0   -4.562730   -1.483881    2.300917
H 0   -5.051062   -0.066433   -1.236433
H 0   -4.603420   -1.591597   -2.076102
H 0   -3.347405   -0.571594   -1.307464
H 0    7.340502    4.111763   -0.098028
H 0    7.263639    6.536504   -0.239775
H 0    2.925090    6.455990   -0.272110
H 0    1.464699    4.959584    1.118461
H 0    1.018398    3.232717    1.223727
H 0    2.492562    3.826953    2.064154
H 0    1.493535    4.816717   -1.511925
H 0    2.534326    3.583808   -2.306010
H 0    1.041348    3.090882   -1.433781
H 0    5.539127    0.704605   -0.860990
H 0    5.593173    0.816963    0.963718
H 0    1.581243    1.332088   -0.020141
H 0    4.096769   -0.494913    0.177160
H 0    0.288714   -0.270265    0.040560
H 0   -1.812205   -1.145866    0.077679
H 0   -2.055708   -4.246204    0.165465
H 0   -4.681307   -7.668003    0.217319
H 0   -5.860081   -6.697097    1.133732
H 0   -5.871696   -6.706258   -0.695856
H 0    7.822165    0.613845   -0.038811
H 0    7.654314    2.159137    0.825233
H 0    7.585352    2.092847   -1.003286
H 0    0.533734   -4.187159    1.049525
H 0   -0.066194   -4.460735   -0.635532
H 0    1.922238   -3.486869   -1.638345
H 0    2.413368   -4.768255   -0.477372
H 0    3.832516   -2.731867   -0.246318
H 0    2.898864   -3.009566    1.267644

stop后的log文件如下
Entering Gaussian System, Link 0=/home_soft/soft/x86_64/apps/Chem/Gaussian03/g03/g03
Input=cyanine4.gjf
Output=cyanine4.log
Initial command:
/home_soft/soft/x86_64/apps/Chem/Gaussian03/g03/l1.exe /pbs/cn35/pub08/z07-8823/Gau-4441.inp -scrdir=/pbs/cn35/pub08/z07-8823/
Entering Link 1 = /home_soft/soft/x86_64/apps/Chem/Gaussian03/g03/l1.exe PID=      4449.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2004,2007, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
This is the Gaussian(R) 03 program.  It is based on the
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 03, Revision E.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven,
K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota,
R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao,
H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg,
V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain,
O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari,
J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford,
J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz,
I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham,
C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill,
B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople,
Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.

******************************************
Gaussian 03:  EM64L-G03RevE.01 11-Sep-2007
                23-Sep-2011
******************************************
%chk=cyanine.chk
%nprocshared=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
%rwf=1.rwf
%mem=2000MW
-------------------------------------------------
# opt b3lyp/3-21g* geom=connectivity pop=reg test
-------------------------------------------------
1/14=-1,18=20,26=3,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=5,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20/3(3);
2/9=110/2;
6/19=2,28=1/1;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=5,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20/3(-5);
2/9=110/2;
6/19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-------
cyanine
-------
Symbolic Z-matrix:
Charge = -1 Multiplicity = 1
N                    0    -4.72045  -4.12057   0.18224
C                    0    -3.82767  -3.06598   0.14457
C                    0    -4.58502  -1.73804   0.11724
C                    0    -6.00454  -2.2895    0.14571
C                    0    -7.17098  -1.52461   0.1357
C                    0    -8.41927  -2.15715   0.16272
C                    0    -8.47649  -3.55555   0.20236
C                    0    -7.313    -4.32897   0.21346
C                    0    -6.06784  -3.69257   0.18439
C                    0    -4.25036  -5.52201   0.20259
C                    0    -4.35747  -0.89202   1.3797
C                    0    -4.38229  -0.95499  -1.18909
S                    0    -9.9577   -1.20096   0.15
O                    0    -10.61186  -1.54438   1.40501
O                    0    -10.67558  -1.67472  -1.02522
O                    0    -9.58637   0.20357   0.06424
C                    0     3.43773   2.288    -0.03223
C                    0     2.72542   3.64298  -0.11543
C                    0     3.9365    4.55358  -0.15377
N                    0     4.80718   2.48465  -0.03391
C                    0     5.15616   3.86112  -0.10537
C                    0     6.35342   4.58542  -0.13502
C                    0     6.31233   5.97925  -0.21552
C                    0     5.09492   6.67037  -0.26614
C                    0     3.89918   5.94594  -0.2336
C                    0     1.88271   3.92802   1.13744
C                    0     1.90754   3.78861  -1.40818
C                    0     5.76872   1.36904   0.00804
S                    0     5.09714   8.4785   -0.37433
O                    0     3.70609   8.90525  -0.40202
O                    0     5.80963   8.77073  -1.61042
O                    0     5.80616   8.91714   0.81973
C                    0     2.66199   1.13354   0.02012
C                    0     3.03322  -0.24025   0.10854
C                    0     2.18019  -1.34976   0.11401
C                    0     0.7691   -1.25928   0.05536
C                    0    -0.07726  -2.39246   0.0501
C                    0    -1.46456  -2.18752   0.07971
C                    0    -2.4444   -3.21966   0.13065
C                    0    -5.23111  -6.69782   0.21497
C                    0     7.28302   1.58998  -0.05676
C                    0     0.5299   -3.77677   0.01231
C                    0     1.95343  -3.7538   -0.55401
C                    0     2.80694  -2.7265    0.1926
H                    0    -7.0947   -0.42751   0.10629
H                    0    -9.45275  -4.0679    0.22559
H                    0    -7.4261   -5.41844   0.24503
H                    0    -3.60688  -5.67663  -0.69871
H                    0    -3.60672  -5.65095   1.10763
H                    0    -5.02459  -0.0011    1.39593
H                    0    -3.32001  -0.50573   1.46022
H                    0    -4.56273  -1.48388   2.30092
H                    0    -5.05106  -0.06643  -1.23643
H                    0    -4.60342  -1.5916   -2.0761
H                    0    -3.34741  -0.57159  -1.30746
H                    0     7.3405    4.11176  -0.09803
H                    0     7.26364   6.5365   -0.23978
H                    0     2.92509   6.45599  -0.27211
H                    0     1.4647    4.95958   1.11846
H                    0     1.0184    3.23272   1.22373
H                    0     2.49256   3.82695   2.06415
H                    0     1.49354   4.81672  -1.51193
H                    0     2.53433   3.58381  -2.30601
H                    0     1.04135   3.09088  -1.43378
H                    0     5.53913   0.70461  -0.86099
H                    0     5.59317   0.81696   0.96372
H                    0     1.58124   1.33209  -0.02014
H                    0     4.09677  -0.49491   0.17716
H                    0     0.28871  -0.27027   0.04056
H                    0    -1.81221  -1.14587   0.07768
H                    0    -2.05571  -4.2462    0.16547
H                    0    -4.68131  -7.668     0.21732
H                    0    -5.86008  -6.6971    1.13373
H                    0    -5.8717   -6.70626  -0.69586
H                    0     7.82217   0.61385  -0.03881
H                    0     7.65431   2.15914   0.82523
H                    0     7.58535   2.09285  -1.00329
H                    0     0.53373  -4.18716   1.04953
H                    0    -0.06619  -4.46074  -0.63553
H                    0     1.92224  -3.48687  -1.63835
H                    0     2.41337  -4.76825  -0.47737
H                    0     3.83252  -2.73187  -0.24632
H                    0     2.89886  -3.00957   1.26764

End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in /home_soft/soft/x86_64/apps/Chem/Gaussian03/g03/l101.exe at Fri Sep 23 15:01:38 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 18.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      8 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

lywiailyw

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

smalldog

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-09-23 20:14:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

【答案】应助回帖

smalldog(金币+5): 很有帮助 2011-09-26 15:05:37
输入文件中删除“geom=connectivity ”即可。
赞一下 回复此楼
愿好运与快乐伴随你！
2楼2011-09-24 08:19:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-09-29 16:13:03
删除 geom=connectivity。如果想保留 geom=connectivity，那么必须在分子坐标部分之后空一行输入各个原子之间的连接性。如果是通过GVIEW创建输入文件，那么连接性情况会直接随同geom=connectivity关键词而存在于输入文件中。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-09-25 16:56:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smalldog

铁虫 (小有名气)
送鲜花一朵
谢谢大家的帮忙
回复此楼
4楼2011-09-28 09:32:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

178130920

新虫 (初入文坛)
但是我在Gview里面把geom=connectivity的选项勾掉了，最后它还是自动生成，怎么办，一直出错。
赞一下 回复此楼
5楼2011-10-30 21:11:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

showcat

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3226047楼: Originally posted by 178130920 at 2011-10-30 21:11:41:
但是我在Gview里面把geom=connectivity的选项勾掉了，最后它还是自动生成，怎么办，一直出错。

最终只要在输入文件里，关键词部分，把“geom=conectivity"删掉就好了。
赞一下 回复此楼
化工人，初入计算领域
6楼2012-03-20 10:07:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 smalldog 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 16/800 2026-08-07 13:25 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +4 yang182083 2026-08-06 6/300 2026-08-07 12:43 by 虫友是什么虫
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +23 低垂的野花 2026-07-31 31/1550 2026-08-07 12:22 by speculiar
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 基金中了 +11 laoda193707 2026-08-06 11/550 2026-08-07 10:54 by TT和NN
[基金申请] 听说今天filecode变了 +21 布布和一二 2026-08-06 44/2200 2026-08-07 10:11 by 布布和一二
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +4 archvillain 2026-08-06 8/400 2026-08-07 08:06 by 带你看大海
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[论文投稿] 十年后又回来了，论文投稿求助 +3 哈哈114477 2026-08-01 3/150 2026-08-04 15:40 by tegsgjy20
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 娱乐 +4 Tide man 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:51 by wgch518
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭