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基于MS中Focite模块的分子动力学仿真的问题 已有3人参与
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大家好： 最近利用Focite的模块进行分子动力学仿真。仿真的材料是银纳米颗粒在无定性二氧化硅上在不同温度下的形状的演变过程。 计算的过程如下： 首先构建纳米颗粒并进行几何优化；其次建立二氧化硅表面，采用的cleave surface沿着特定方向劈开晶胞构建，之后转化为超级胞，最终转化为了非周期结构，并也进行了几何优化；然后将几何优化好的纳米颗粒和二氧化硅表面复制到一个窗口，再次几何优化获得最稳定结构后，采用NVT系综，设置温度500K，步长1fs，时间50ps.进行分子动力学仿真。 出现的问题包括以下几个问题： 1.在构建二氧化硅的时候，参照tutorial中气体分子和三氧化二铝的吸附，把硅与氧原子之间的共价键删除了，但是分子动力学计算之后硅和氧原子都飞了，而银颗粒却没什么变化！所以想问二氧化硅是原子晶体在计算中需不需要吧共价键删除？哪个地方出现问题导致原子总是飞呢？ 2.银和二氧化硅同时进行计算，我选用的compass力场进行的仿真，我想知道的是哪一种立场更合适计算我的这个模型？ 计算的模型见附件1，分子动力学之后的结果见附件2，附件3，4为分子动力学过程中能量和温度随时间的变化过程。 希望得到大家的帮助，困扰好长时间了，感觉这个应该很好仿真的，但是总是出现这样那样的问题，先谢谢大家了！  1.png  2.png  3.png  4.png |
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4楼2015-04-30 16:14:58
赵红霞
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2楼2015-04-30 09:00:53
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嗯 我知道了 采用COMPASS力场几何优化的时候，出现以下问题 Energy contributors with missing parameters: Inversion : (o si4z si4z si4z), (si o o2z o2z), (si o2z o2z o), : (si o2z o2z o2z), (si4z o o2z o2z), (si4z o2z o2z o), : (si4z o2z o2z o2z) Energy contributors using automatic parameters: Bond Stretch : (o si), (o si4z), (o2z si) Angle Bend : (o si o2z), (o si4z o), (o si4z o2z), (o2z si o2z), : (si o2z si), (si o2z si4z), (si4z o si4z) Torsion : (si o2z si o), (si4z o2z si o), (si o2z si o2z), : (si4z o2z si o2z), (si4z o si4z o2z) |
3楼2015-04-30 14:07:00
赵红霞
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5楼2015-05-01 08:54:37