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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】MS中分子动力学计算
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咖啡喝不醉

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】MS中分子动力学计算已有9人参与

MS 中分子动力学计算方面在进行NPT动力学模拟的时候，运行了很久之后结果以失败而告终。请问问题可能出现在哪里呢？
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1楼2010-10-21 08:56:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lianglinlin

金虫 (初入文坛)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-21 16:02:16
你可以去out结果中查看，里面会写出错的原因的
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2楼2010-10-21 09:50:28
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amynihao

金虫 (正式写手)

寂寞大虫
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-21 16:02:23
或者换个力场再试试
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不是要做一个单纯优秀的人，而是要做一个不可替代的人。
3楼2010-10-21 10:22:26
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xjw040

金虫 (正式写手)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-26 07:56:22
可能是你的能量tolerance的值有关。最好设置得大些!
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4楼2010-10-26 07:33:36
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普通回帖

gengcy

木虫 (小有名气)

可能的原因

★ ★ ★
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zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-03 09:29:32
模拟过程中可能出现了分子重叠的现象，简单的说就是模拟过程中分子距离可能太近或者几乎在同一位置，导致运行出错。建议重新考察一下力场是否合适，在模拟前先将盒子进行优化，使盒子能量降低，然后再进行动力学模拟。
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5楼2010-11-03 09:19:22
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-11-03 19:59:42
怎样失败的，你最少要把出错信息写出来。程序运行失败的原因很多。
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6楼2010-11-03 13:36:36
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sslovepfy

金虫 (著名写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-05 12:03:03
你用的是AC还是Discover 模块啊，前者快点，或许电脑也有问题个咯
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不求最好，只要不闲着，闲我很不习惯
7楼2010-11-05 11:11:03
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Happy丘丘

铜虫 (小有名气)
★
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7楼: Originally posted by sslovepfy at 2010-11-05 11:11:03
你用的是AC还是Discover 模块啊，前者快点，或许电脑也有问题个咯

请教一下  AC是什么
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8楼2014-04-15 18:01:12
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
★
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8楼: Originally posted by Happy丘丘 at 2014-04-15 18:01:12
请教一下  AC是什么...

MS的Amorphous Cell模块
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
9楼2014-04-15 18:51:46
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Happy丘丘

铜虫 (小有名气)
★
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9楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-15 18:51:46
MS的Amorphous Cell模块...

我现在想做个动力学模拟  氢气在MOF材料里的扩散性能的数值模拟   能请教一下怎么做么   现在我是构建了MOF材料  后面就不会了
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10楼2014-04-15 19:10:58
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