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汕头大学海洋科学接受调剂
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hello啊c

新虫 (小有名气)

[交流] 关于cas9敲除的问题

cas9靶位点可以设计成21个碱基吗,我们实验室准备用T7启动子,5‘端两个G,3’端结束后是NGG。看了网上和文献上大部分靶位点都是设计成20个碱基,但是也有说19到23个碱基都可以。20个碱基实在找不到靶点了,21个碱基的靶点还能找到一个,不知道能不能用。
大家对cas9有什么看法和经验都可以交流一下,据说脱靶效应很严重啊
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菲珑悦儿

新虫 (初入文坛)


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21个可以,我们19~21都能行。。。5‘只要一个G就行了呀,如果没有G可以自己加G的~
2楼2015-06-03 16:23:30
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高山流水循

木虫 (小有名气)


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5'端没有g影响敲除吗?

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3楼2016-04-10 10:40:41
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sibei1

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
问题1:gRNA长度18-22吧,大致范围,有专门文献的,你看一下。这东西类似引物,没必要非得20。至于为什么文献大都是20bp,是因为最开始在酿脓杆菌发现的是20个,最早发现所以最多使用而已,你完全可以改变长度的。有的网站设计的可以不是20.第二个问题:G可加可不加,张峰实验室推荐加,因为真核细胞启动子转录起始位点为G,但是很多实验发现不加或开头不是G不影响打靶效率。

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时代遗孤
4楼2016-04-27 04:06:09
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Simon_ird

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大家打靶的材料是植物嚒?求问效率怎么样?

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-04-27 06:32:57
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