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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » 关于cas9敲除的问题
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hello啊c

新虫 (小有名气)

[交流] 关于cas9敲除的问题

cas9靶位点可以设计成21个碱基吗，我们实验室准备用T7启动子，5‘端两个G，3’端结束后是NGG。看了网上和文献上大部分靶位点都是设计成20个碱基，但是也有说19到23个碱基都可以。20个碱基实在找不到靶点了，21个碱基的靶点还能找到一个，不知道能不能用。
大家对cas9有什么看法和经验都可以交流一下，据说脱靶效应很严重啊
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1楼 2015-04-29 10:28:19
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高山流水循

木虫 (小有名气)
★
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5'端没有g影响敲除吗？

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3楼2016-04-10 10:40:41
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菲珑悦儿

新虫 (初入文坛)
★
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21个可以，我们19~21都能行。。。5‘只要一个G就行了呀，如果没有G可以自己加G的~
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2楼2015-06-03 16:23:30
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sibei1

新虫 (小有名气)
★
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问题1:gRNA长度18-22吧，大致范围，有专门文献的，你看一下。这东西类似引物，没必要非得20。至于为什么文献大都是20bp，是因为最开始在酿脓杆菌发现的是20个，最早发现所以最多使用而已，你完全可以改变长度的。有的网站设计的可以不是20.第二个问题：G可加可不加，张峰实验室推荐加，因为真核细胞启动子转录起始位点为G，但是很多实验发现不加或开头不是G不影响打靶效率。

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时代遗孤
4楼2016-04-27 04:06:09
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Simon_ird

铜虫 (初入文坛)
★
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大家打靶的材料是植物嚒？求问效率怎么样？

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5楼2016-04-27 06:32:57
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