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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分析二面角分布 (dihedral angle distribution)
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gn02530640

银虫 (小有名气)

[求助] 分析二面角分布 (dihedral angle distribution) 已有1人参与

如题，我目前是用 NAMD/VMD 进行模拟，完成后想分析二面角角度的分布情形(如下图)，但VMD似乎没有类似的插件，请问有哪些软件或程序能够支持NAMD的轨机檔并分析的吗? 非常感谢

分析二面角分布 (dihedral angle distribution)
dihedral distribution.gif
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1楼 2015-04-22 20:01:57
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gn02530640: 金币+25, ★★★很有帮助 2015-04-24 11:24:44
二面角要先算出来，分布是很简单的了；mathworld里有根据四个笛卡尔坐标计算二面角的公式，写成code算出来即可
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
2楼2015-04-23 08:41:20
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gn02530640

银虫 (小有名气)
Maxwell-Boltzmann
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3楼2015-04-24 11:31:01
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gn02530640

银虫 (小有名气)
非常感谢您的回复。我认为这是一个很不错的方法，不过对我来说要自己编程有一定的难度…只怪自己当初没认真学TCL语法，现在时间上也来不及了…只能说想学将NAMD/VMD 学到好多少还是要有一些编程基础。

顺带一提，最后我是参照NAMD中文教程里关于 Maxwell-Boltzmann 能量分布的教学，使用Excel来完成的。给其他朋友当作参考。
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4楼2015-04-24 11:31:37
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915384165

新虫 (小有名气)
我写过过统计构象角的tcl程序，相当于统计空间两条直线的夹角。
基本流程大致如下
第一步：计算四个粒子的坐标（分别在两条直线上）
第二步：算两条直线的向量
第三步：计算两条射线的夹角（返回角度值）
根据需要写自己的循环：
因为我模拟的体系是包含很多同类分子的，所以先根据residue写了循环，后在时间上加上循环，
导出的角度值，再用matlab做分布函数。
你说的二面角应该差别不大
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5楼2015-07-02 10:40:02
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