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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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gn02530640

超级版主

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[求助] 分析二面角分布 (dihedral angle distribution) 已有1人参与

如题,我目前是用 NAMD/VMD 进行模拟,完成后想分析二面角角度的分布情形(如下图),但VMD似乎没有类似的插件,请问有哪些软件或程序能够支持NAMD的轨机檔并分析的吗? 非常感谢

分析二面角分布 (dihedral angle distribution)
dihedral distribution.gif
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polypro

管理员

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gn02530640: 金币+25, ★★★很有帮助 2015-04-24 11:24:44
二面角要先算出来,分布是很简单的了;mathworld里有根据四个笛卡尔坐标计算二面角的公式,写成code算出来即可
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
2楼2015-04-23 08:41:20
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gn02530640

兑换贵宾

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Maxwell-Boltzmann
3楼2015-04-24 11:31:01
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gn02530640

主管区长

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非常感谢您的回复。我认为这是一个很不错的方法,不过对我来说要自己编程有一定的难度…只怪自己当初没认真学TCL语法,现在时间上也来不及了…只能说想学将NAMD/VMD 学到好多少还是要有一些编程基础。

顺带一提,最后我是参照NAMD中文教程里关于 Maxwell-Boltzmann 能量分布的教学,使用Excel来完成的。给其他朋友当作参考。
4楼2015-04-24 11:31:37
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915384165

管理员

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我写过过统计构象角的tcl程序,相当于统计空间两条直线的夹角。
基本流程大致如下
第一步:计算四个粒子的坐标(分别在两条直线上)
第二步:算两条直线的向量
第三步:计算两条射线的夹角(返回角度值)
根据需要写自己的循环:
因为我模拟的体系是包含很多同类分子的,所以先根据residue写了循环,后在时间上加上循环,
导出的角度值,再用matlab做分布函数。
你说的二面角应该差别不大
5楼2015-07-02 10:40:02
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