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gengle

木虫 (著名写手)

[求助] siesta 自带例子结果的问题 已有1人参与

刚装好siesta3.2,第一次用,然后运行了自带的例子,正常结束。h2o.STRUCT_OUT的内容如下:
          7.286412449       0.000000000       0.000000000
          0.000000000       5.746952292       0.000000000
          0.000000000       0.000000000       5.621012449
           3
  1     8       0.000000000       0.000000000       0.000000000
  2     1       0.103892005       0.101967090       0.000000000
  2     1      -0.103892005       0.101967090       0.000000000

从上面内容来看,三个原子的坐标数值非常接近,显然其结构是有问题的,用GV打开后原子全部重叠在了一起,想向大家请教一下原因,感觉这个文件好像不是优化好的结果,麻烦大家给指点一下,优化好的结构在哪个文件中。
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个结构没问题,晶胞结构内坐标,gv读取有问题。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-04-14 18:56:18
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gengle

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-04-14 18:56:18
这个结构没问题,晶胞结构内坐标,gv读取有问题。

感谢回复,我想问一下,我优化好的结构最后还要用Gaussian来做一些性质计算,不知道如何将这个结构转换成GV的正常结构?
3楼2015-04-14 19:02:05
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-04-15 07:50:44
gengle: 金币+10, ★★★很有帮助, 多谢了,看来不能用SIESTA了,准备学其它软件了 2015-04-15 08:55:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by gengle at 2015-04-14 19:02:05
感谢回复,我想问一下,我优化好的结构最后还要用Gaussian来做一些性质计算,不知道如何将这个结构转换成GV的正常结构?...

这比较麻烦,没有现成工具。
如果是立方晶胞的话,以顶楼为例,可以直接将x坐标乘以矩阵7.286412449,y坐标乘以5.746952292,z坐标乘以5.621012449
4楼2015-04-14 20:02:50
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