24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 795  |  回复: 3

gengle

木虫 (著名写手)

[求助] siesta 自带例子结果的问题 已有1人参与

刚装好siesta3.2,第一次用,然后运行了自带的例子,正常结束。h2o.STRUCT_OUT的内容如下:
          7.286412449       0.000000000       0.000000000
          0.000000000       5.746952292       0.000000000
          0.000000000       0.000000000       5.621012449
           3
  1     8       0.000000000       0.000000000       0.000000000
  2     1       0.103892005       0.101967090       0.000000000
  2     1      -0.103892005       0.101967090       0.000000000

从上面内容来看,三个原子的坐标数值非常接近,显然其结构是有问题的,用GV打开后原子全部重叠在了一起,想向大家请教一下原因,感觉这个文件好像不是优化好的结果,麻烦大家给指点一下,优化好的结构在哪个文件中。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个结构没问题,晶胞结构内坐标,gv读取有问题。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-04-14 18:56:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gengle

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-04-14 18:56:18
这个结构没问题,晶胞结构内坐标,gv读取有问题。

感谢回复,我想问一下,我优化好的结构最后还要用Gaussian来做一些性质计算,不知道如何将这个结构转换成GV的正常结构?
3楼2015-04-14 19:02:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-04-15 07:50:44
gengle: 金币+10, ★★★很有帮助, 多谢了,看来不能用SIESTA了,准备学其它软件了 2015-04-15 08:55:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by gengle at 2015-04-14 19:02:05
感谢回复,我想问一下,我优化好的结构最后还要用Gaussian来做一些性质计算,不知道如何将这个结构转换成GV的正常结构?...

这比较麻烦,没有现成工具。
如果是立方晶胞的话,以顶楼为例,可以直接将x坐标乘以矩阵7.286412449,y坐标乘以5.746952292,z坐标乘以5.621012449
4楼2015-04-14 20:02:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gengle 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297,工科调剂?河南农业大学本科 +13 河南农业大学-能 2026-04-14 13/650 2026-04-16 10:43 by Espannnnnol
[考研] 求调剂学校 +14 不会吃肉 2026-04-13 16/800 2026-04-15 21:59 by noqvsozv
[考研] 求助调剂,跨调 +19 X十甫寸Y 2026-04-11 20/1000 2026-04-15 21:18 by cuisz
[考研] 305求调剂 +8 玛卡巴卡boom 2026-04-11 8/400 2026-04-14 09:04 by pengliang8036
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 材料考研调剂 +29 云木达达 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 13:32 by lyh鲁老师
[考研] 生物学调剂 +11 小冉要努力 2026-04-10 13/650 2026-04-13 11:46 by 电化学及催化
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-11 11/550 2026-04-13 10:38 by wp06
[考研] 22408 352分求调剂 +5 努力的夏末 2026-04-09 5/250 2026-04-12 19:17 by wj165256
[考研] 291求调剂 +8 关忆北. 2026-04-11 8/400 2026-04-12 09:32 by 逆水乘风
[考研] 085410 273求调剂 +10 X1999 2026-04-09 10/500 2026-04-12 09:24 by 逆水乘风
[考研] 284求调剂 +11 archer.. 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:23 by 蓝云思雨
[考研] 机械专硕270求调剂,接受跨专业 +12 老师看看我吧aba 2026-04-09 14/700 2026-04-11 10:21 by laoshidan
[考研] 农业管理302分求调剂 +3 xuening1 2026-04-10 3/150 2026-04-11 10:18 by zhq0425
[考研] 281求调剂 +11 觉得好的吧 2026-04-10 11/550 2026-04-11 09:35 by 逆水乘风
[考研] 085402通信工程调剂,有4项学科竞赛国奖(电赛国二),硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 342电子信息专硕求调剂 +9 你让我怎么荔枝 2026-04-10 10/500 2026-04-11 08:33 by zhq0425
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +3 加大号饭盒袋 2026-04-10 3/150 2026-04-10 22:23 by 286640313
[考研] 265求调剂 +12 风说她早忘了 2026-04-10 13/650 2026-04-10 18:56 by chemisry
[考研] 调剂申请086000一志愿西北农林科技大学生物与医药320分-本科齐鲁工业大学 +3 美美女士 2026-04-09 3/150 2026-04-10 10:31 by liuhuiying09
信息提示
请填处理意见