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kgdu

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[交流] 【求助】ATK输运已有13人参与

在ATK中做输运计算时，建模后，要做优化，是只优化中心区，还是中心区加上电极一起优化呢？刚学ATK，希望大家多多帮忙！我做的是石墨烯。

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1楼2010-04-11 21:23:17

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kaypu

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★ ★ ★
kgdu(金币+1):谢谢了 2010-05-24 08:44:59
wuli8(金币+3):3ks 2010-09-05 15:49:47

引用回帖:

Originally posted by zlding at 2010-05-06 13:11:42:

请教个问题，呵呵，在dmol中优化好的结构导入到atk中如何把电极加上呢？非常感谢

在ms优化完后导出坐标然后
你把你的坐标和元素的名称一一对应的写出来就是下面的这个表了然后放到txt中最后吧txt改成py 就是后缀名改一下

from ATK.KohnSham import *
# Define elements
elements = [Carbon,Carbon,Carbon,
Carbon,Carbon,Carbon,Carbon, Carbon,Carbon,Carbon, Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,
Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon]

# Define coordinates
coordinates=[[-0.751052271,1.089715485,-1.642316121],
[-1.339893261,-0.222844712,-1.613625693],
[-0.499619561,-1.386201800,-1.509167472],
[0.929495128,-1.236998690,-1.433399679],
[1.518336119,0.075561507,-1.462090107],
[0.678062419,1.238918594,-1.566548328],
[-1.353127062,1.885562352,-0.545812592],
[-0.259272443,2.356889911,0.249113156],
[1.884562559,1.398843767,0.419368207],
[2.360104085,0.226177755,-0.250922193],
[2.122084811,-0.940093967,0.545150438],
[1.396627443,-1.921466706,-0.203978182],
[0.215772062,-2.320985557,0.500677618],
[-0.941726452,-2.165596638,-0.327951377],
[-1.928062940,-1.362939413,0.330422567],
[-2.316603704,-0.262082108,-0.498868581],
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[-0.234386171,1.503113113,1.460984491],
[-1.399453426,0.659163675,1.433804362],
[-1.254288684,-0.770307836,1.510677771],
[0.055943314,-1.355829908,1.614731308],
[1.221010569,-0.511880470,1.641911437],
[1.075845826,0.917591041,1.565038029]]*Angstrom

# Set up configuration
molecule_configuration = MoleculeConfiguration(elements,coordinates)