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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】ATK输运
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kgdu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ATK输运 已有13人参与

在ATK中做输运计算时，建模后，要做优化，是只优化中心区，还是中心区加上电极一起优化呢？刚学ATK，希望大家多多帮忙！我做的是石墨烯。
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1楼 2010-04-11 21:23:17
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
kgdu(金币+1):谢谢了 2010-05-24 08:44:59
wuli8(金币+3):3ks 2010-09-05 15:49:47
引用回帖:
Originally posted by zlding at 2010-05-06 13:11:42:


请教个问题，呵呵，在dmol中优化好的结构导入到atk中如何把电极加上呢？非常感谢

在ms优化完后导出坐标然后
你把你的坐标和元素的名称一一对应的写出来 就是下面的这个表了 然后放到txt中最后吧txt改成py 就是后缀名改一下

from ATK.KohnSham import *
# Define elements
elements = [Carbon,Carbon,Carbon,
Carbon,Carbon,Carbon,Carbon, Carbon,Carbon,Carbon, Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,
Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon,Carbon]

# Define coordinates
coordinates=[[-0.751052271,1.089715485,-1.642316121],
[-1.339893261,-0.222844712,-1.613625693],
[-0.499619561,-1.386201800,-1.509167472],
[0.929495128,-1.236998690,-1.433399679],
[1.518336119,0.075561507,-1.462090107],
[0.678062419,1.238918594,-1.566548328],
[-1.353127062,1.885562352,-0.545812592],
[-0.259272443,2.356889911,0.249113156],
[1.884562559,1.398843767,0.419368207],
[2.360104085,0.226177755,-0.250922193],
[2.122084811,-0.940093967,0.545150438],
[1.396627443,-1.921466706,-0.203978182],
[0.215772062,-2.320985557,0.500677618],
[-0.941726452,-2.165596638,-0.327951377],
[-1.928062940,-1.362939413,0.330422567],
[-2.316603704,-0.262082108,-0.498868581],
[-2.165585192,0.975998321,0.204640336],
[0.985226832,2.129692284,-0.421839397],
[-0.234386171,1.503113113,1.460984491],
[-1.399453426,0.659163675,1.433804362],
[-1.254288684,-0.770307836,1.510677771],
[0.055943314,-1.355829908,1.614731308],
[1.221010569,-0.511880470,1.641911437],
[1.075845826,0.917591041,1.565038029]]*Angstrom

# Set up configuration
molecule_configuration = MoleculeConfiguration(elements,coordinates)
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10楼2010-05-21 07:52:44
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普通回帖

kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
★
qli0218(金币+1):谢谢交流 2010-04-12 07:43
kgdu(金币+3):谢谢参与，我还有问题 2010-04-12 11:41
你可以现在ms dmol中优化 然后再把坐标放到atk中计算 我也是新手 多多交流
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2楼2010-04-12 07:31:21
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kgdu

金虫 (正式写手)
谢谢，是得多交流，太多不明白的。
是只优化中心区，还是中心区加上电极一起优化呢？
我是在ATK中建的模，把坐标导入MS做优化是不是？
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3楼2010-04-12 11:46:59
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hanyi89

铜虫 (初入文坛)
★
kgdu(金币+3):谢谢 2010-04-12 12:04
qasd(金币+1):谢谢 2010-04-12 22:00
应该是要全优化的，其实只要优化一边电极加上中间区的，对称的嘛~~
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4楼2010-04-12 11:55:17
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kgdu

金虫 (正式写手)
你有没有什么例子啊，我还有点不明白，中心区没有对称性啊，这在MS中怎么优化呢？问题比较弱智，还请多多包涵！！
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5楼2010-04-12 12:08:09
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
kgdu(金币+3):谢谢了，我去试一下，以后请多多指教 2010-04-13 09:39
在ms中建模，在dmol中优化，把优化后的坐标导入atk，只用atk计算，没有和电极一起优化，我新手 多交流
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6楼2010-04-13 07:38:42
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kgdu

金虫 (正式写手)
用atk自带的优化不可以吗?
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7楼2010-04-13 09:41:21
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
kgdu(金币+6):谢谢了，还得自己去弄 2010-04-15 10:46
这个我没有试过，我上一级的做是放在dmol中优化的，我也刚学，我也不知道为什么他没有选择在atk中，你可以试一下 有什么区别，呵呵
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8楼2010-04-14 07:25:49
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zlding

木虫 (著名写手)
kgdu(金币+1):谢谢参与 2010-05-24 08:44:44
引用回帖:
Originally posted by kaypu at 2010-04-14 07:25:49:
这个我没有试过，我上一级的做是放在dmol中优化的，我也刚学，我也不知道为什么他没有选择在atk中，你可以试一下 有什么区别，呵呵

请教个问题，呵呵，在dmol中优化好的结构导入到atk中如何把电极加上呢？非常感谢
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9楼2010-05-06 13:11:42
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