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zlding

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by kaypu at 2010-05-21 07:52:44:

在ms优化完后导出坐标然后
你把你的坐标和元素的名称一一对应的写出来 就是下面的这个表了 然后放到txt中最后吧txt改成py 就是后缀名改一下

from ATK.KohnSham import *
# Define elements
elements = [C ...

好的,谢谢你呵呵
11楼2010-05-21 08:46:32
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163.com

金虫 (著名写手)

实习版主

ATK优化

★ ★
zzy870720z(金币+2):感谢建议 2010-05-21 12:29:11
kgdu(金币+3):谢谢了,虽然还有些不明白,以后还得多多向你请教! 2010-05-24 08:44:18
引用回帖:
Originally posted by kgdu at 2010-04-11 21:23:17:
在ATK中做输运计算时,建模后,要做优化,是只优化中心区,还是中心区加上电极一起优化呢?刚学ATK,希望大家多多帮忙!我做的是石墨烯。

我也是做Graphene的,通常情况下,我们做ATK优化的时候现用单胞优化(就是你扩展成电极的最小单元),然后再建成两电极体系,建的时候要有表面层(就是从电极出要多伸出来一到两层的原子层),然后再把你的中心散射区(中心散射区单独优化)和两电极相连接。

就是说电极和散射区分开优化 然后再结成两电极体系。

做中心散射区优化可以用VASP  ATK  也可以用其他软件,建议用VASP
阿什顿联
12楼2010-05-21 11:46:20
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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
13楼2010-08-19 20:33:07
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思想家

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我在ATK 中建立好了模型如何导入到DOML3 中去结构优化
14楼2010-09-16 11:01:53
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zhangzhaojin

金虫 (初入文坛)

谢谢


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多谢 受教了
15楼2010-09-17 10:04:03
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wutingting5283

铜虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
bingmou(金币+1):感谢分享 2010-10-18 21:50:59
我的方法和大家的不同,不是把电极和散射区分开优化,我采用把电极体系在ATK整体优化,文献中大多是把电子结构和输运计算在不同软件里分开计算。老师也给了建议:ATK中自带优化结构一样可以试着做计算。或者可以试着比较看哪种优化结构更稳定。
16楼2010-09-17 10:25:02
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qnsyhanjiu

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我试着将MS优化后的坐标按楼上的那样弄,怎么不能成功呀
17楼2010-10-18 18:40:08
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zlding

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by kaypu at 2010-05-21 07:52:44:

在ms优化完后导出坐标然后
你把你的坐标和元素的名称一一对应的写出来 就是下面的这个表了 然后放到txt中最后吧txt改成py 就是后缀名改一下

from ATK.KohnSham import *
# Define elements
elements = [C ...

你好,我把你给出的东西复制粘帖用VNL是可以打开的,但是把你的元素名称和坐标替换成我的就打不开了,格式什么的都完全一样,真不知道是怎么回事,呵呵。是不是要求结构是电中性的?或者对结构有什么特别要求吗?谢谢你了。
18楼2010-10-19 15:43:34
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zlding

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zlding at 2010-10-19 15:43:34:

你好,我把你给出的东西复制粘帖用VNL是可以打开的,但是把你的元素名称和坐标替换成我的就打不开了,格式什么的都完全一样,真不知道是怎么回事,呵呵。是不是要求结构是电中性的?或者对结构有什么特别要求吗 ...

问题解决了,呵呵,原因是我的坐标xyz间没有加逗号。
19楼2010-10-19 19:11:53
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navyzhang

木虫 (正式写手)

★ ★
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ym23(金币+1):欢迎常来交流 2010-10-19 20:20:53
我们这好像是现在ms中建模
然后在VASP中优化
20楼2010-10-19 20:04:41
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