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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】ATK优化
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】ATK优化 已有4人参与

如何在ATK中研究输运时，对双电极和分子进行优化，是否要固定电极和中心散射区的电极 怎么固定？ 就是在Geometric Constraints中写入什么？是不是写入中心散射区电极的编号比如0，1，2，3，4，5，6，。。。像是这样的数字，要是这么写的话 那电极的编号是多少？
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1楼 2010-05-27 21:44:18
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163.com

金虫 (著名写手)

实习版主
★
kaypu(金币+1): 2010-05-28 07:37:52
aylayl08(金币+1):谢谢 2010-09-29 19:04:39
一般要先优化，可以用VASP来做优化，ATK做输运。

  ATK优化不要你自己固定原子的，软件自己来处理
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阿什顿联
2楼2010-05-27 21:57:18
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by kaypu at 2010-05-27 21:44:18:
如何在ATK中研究输运时，对双电极和分子进行优化，是否要固定电极和中心散射区的电极 怎么固定？ 就是在Geometric Constraints中写入什么？是不是写入中心散射区电极的编号比如0，1，2，3，4，5，6，。。。像是这 ...


我的意思是想不好确定分子与电极的距离 想通过atk优化得到最稳定的分子与电极距离，然后通过上图中的设置，请问一下这样不用固定电极和表面层吗？ 要使用固定的话怎么固定呀，上面的数怎么选择？
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3楼2010-05-28 07:42:27
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163.com

金虫 (著名写手)

实习版主
★
kaypu(金币+2): 2010-05-29 08:37:00
zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-05-29 09:35:14
引用回帖:
Originally posted by kaypu at 2010-05-28 07:42:27:


我的意思是想不好确定分子与电极的距离 想通过atk优化得到最稳定的分子与电极距离，然后通过上图中的设置，请问一下这样不用固定电极和表 ...

你分子与电极的距离是要你用经验参数来确定的，设置只是一个优化精度的要求，你的原子力用0.02 或者0.05都可以，越小越难算。

那个Max Steps就是最大步数，最多让软件算到多少步，超过步数就会自动截止，这要看你的实际情况。 建议稍微取大一点
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阿什顿联
4楼2010-05-29 00:15:52
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 163.com at 2010-05-29 00:15:52:



你分子与电极的距离是要你用经验参数来确定的，设置只是一个优化精度的要求，你的原子力用0.02 或者0.05都可以，越小越难算。

那个Max Steps就是最大步数，最多让软件算到多少步，超过步数就会自动截止， ...

下面的几何限定怎么设置呀，我想把电极和表面层的都限定住，在那个里面应该如何设置，表面层的原子标号和电极的原子标号如何表示？ 谢谢
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5楼2010-05-29 08:38:38
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youngjfly

银虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1):谢谢指点 2010-09-29 19:04:55
引用回帖:
Originally posted by kaypu at 2010-05-29 08:38:38:

下面的几何限定怎么设置呀，我想把电极和表面层的都限定住，在那个里面应该如何设置，表面层的原子标号和电极的原子标号如何表示？ 谢谢

里面的设定是从屏蔽层开始的，0表示散射区第一个原子，依次把需要固定的原子序数输入进去就行。（注意，从散射区的电极原子开始）
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真的很想把你搞好。
6楼2010-09-29 16:31:56
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by youngjfly at 2010-09-29 16:31:56:



里面的设定是从屏蔽层开始的，0表示散射区第一个原子，依次把需要固定的原子序数输入进去就行。（注意，从散射区的电极原子开始）

非常感谢
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7楼2010-09-30 08:52:40
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ghostsyd

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主是通过输入坐标来构建分子的吗？
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物理妹子伤不起。。。。。
8楼2012-07-30 02:21:34
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