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chuntao118新虫 (著名写手)
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site-site correlation functions 与径向分布函数的区别与联系 已有2人参与
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请教各位研究分子结构的，通常我们所说的site-site correlation functions ,the pair correlation function and site-site radial distribution function是不是一个概念？ 在这里我个人认为：the pair correlation function and site-site radial distribution function是同一个概念只是表述不一样罢了。但是对于site-site correlation functions怎么感觉有点怪怪的至今没有找到原始的确切定义，只是在文献“molecular dynamics simulation of dense fluid methane"中的一个解释：”The site-site correlation function is proportional to the probability density of finding the B-site of some molecule at a distance r_AB from the A-site of some different molecule.“我个人理解这三者的定义是一致的都是：”给定某个粒子的坐标，其他粒子在空间的分布几率“，不过我直接按照径向分布函数来模拟的结果和文献的结果相差甚远附件中附上这篇文献，希望知道的能够指点一二。 |
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2015-04-01 10:47:03, 581.13 K
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abinitio
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2楼2015-04-01 11:10:41
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【答案】应助回帖
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chuntao118: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢了，我再看看吧？我也怀疑可能是力场参数吧！但是采用的力场参数是那篇文献的力场参数和模型。径向分布函数的成没有问题，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
abinitio: 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-04-01 17:19:25
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chuntao118: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢了，我再看看吧？我也怀疑可能是力场参数吧！但是采用的力场参数是那篇文献的力场参数和模型。径向分布函数的成没有问题，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
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你的理解基本正确，两者是差不多的东西，本质都是概率密度函数。 site-site correlation function一般是针对不同分子间的原子对的，为了描述原子位置间的关联，通常除了原子间距离外，还要考虑分子间的取向(orientation, 一般用欧拉角来表示），详细介绍可以看Theory of Simple Liquids (Hansen and McDonald ) 11.3节。 但你这篇文献里在算site-site correlation function已经对所有取向求平均了，所以和一般的径向分布函数没有太大区别。至于你为什么和文献中不一致，原因很难说，你得检查你的力场参数和设置，同时检查你的rdf计算程序，一个比较常见的错误是计算这样的rdf时包含了分子内的贡献，也就是说计算A与B原子的rdf时不应该考虑A和B处于同一个分子内的情况，否则的话你的rdf在短距离内会出现一个大峰。 |
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chuntao1183楼2015-04-01 11:38:20
chuntao118
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7楼2015-04-05 15:13:34
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楼上讲得没错，就是速度反向了。 如果你在网上输入negative velocity autocorrelation function，就会发现有很多网页和文献讨论这个，比如这个 (Page 4) http://ocw.mit.edu/courses/nucle ... ture-notes/lec3.pdf 说白了就是分子撞上了它周围的分子被反弹了回来。一般用cage effect （中文翻译成什么？笼子效应？）简单解释一下就行了。 cage effect，简单说来，就是粒子的扩散，要首先跳出它周围溶剂分子组成的笼子。这个笼子不是固定的，是活动的（因为溶剂分子也在运动），粒子跳出这个笼子的过程，是一个弛豫的过程，势必要与构成笼子的分子发生碰撞，反映在VACF上就是一个负值，反映在MSD上就是MSD一开始的一段不呈线性。 |
8楼2015-04-06 11:43:05
lsloneil
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