应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » site-site correlation functions 与径向分布函数的区别与联系
111/2返回列表12下一页
查看: 1723  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chuntao118

新虫 (著名写手)

[求助] site-site correlation functions 与径向分布函数的区别与联系 已有2人参与

请教各位研究分子结构的，通常我们所说的site-site correlation functions ,the pair correlation function and site-site radial distribution function是不是一个概念？
在这里我个人认为：the pair correlation function and site-site radial distribution function是同一个概念只是表述不一样罢了。但是对于site-site correlation functions怎么感觉有点怪怪的至今没有找到原始的确切定义，只是在文献“molecular dynamics simulation of dense fluid methane"中的一个解释：”The site-site correlation function  is proportional to the probability density of finding the B-site of some molecule at a distance r_AB from the A-site of some different molecule.“我个人理解这三者的定义是一致的都是：”给定某个粒子的坐标，其他粒子在空间的分布几率“，不过我直接按照径向分布函数来模拟的结果和文献的结果相差甚远附件中附上这篇文献，希望知道的能够指点一二。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-04-01 10:51:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用scholor google一下，发现还有这种说法，Site–site pair correlation functions，我想应该一样的
赞一下 回复此楼
2楼2015-04-01 11:10:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
chuntao118: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢了，我再看看吧？我也怀疑可能是力场参数吧！但是采用的力场参数是那篇文献的力场参数和模型。径向分布函数的成没有问题，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
abinitio: 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-04-01 17:19:25
你的理解基本正确，两者是差不多的东西，本质都是概率密度函数。

site-site correlation function一般是针对不同分子间的原子对的，为了描述原子位置间的关联，通常除了原子间距离外，还要考虑分子间的取向(orientation, 一般用欧拉角来表示），详细介绍可以看Theory of Simple Liquids (Hansen and McDonald ) 11.3节。

但你这篇文献里在算site-site correlation function已经对所有取向求平均了，所以和一般的径向分布函数没有太大区别。至于你为什么和文献中不一致，原因很难说，你得检查你的力场参数和设置，同时检查你的rdf计算程序，一个比较常见的错误是计算这样的rdf时包含了分子内的贡献，也就是说计算A与B原子的rdf时不应该考虑A和B处于同一个分子内的情况，否则的话你的rdf在短距离内会出现一个大峰。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

chuntao118
3楼2015-04-01 11:38:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-01 11:38:20
你的理解基本正确，两者是差不多的东西，本质都是概率密度函数。

site-site correlation function一般是针对不同分子间的原子对的，为了描述原子位置间的关联，通常除了原子间距离外，还要考虑分子间的取向(orie ...

您好：我还有一个小问题向你请教一个问题，速度自相关函数求出的值小于0有什么物理意义？谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2015-04-04 18:43:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njuedu007

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-04-05 10:40:15
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

chuntao118
5楼2015-04-05 01:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by njuedu007 at 2015-04-05 01:28:15
运动反向了呗...

谢谢！当初我也是这么想的，就是感觉是不是还有其他的物理意义在里面？是不是除了速度反向还与不同分子体系的稳定状态有一定的关系那？因为在模拟时 发现不同的分子体系下的速度自相关函数的谷底（出现负的最小值点）的位置和大小是不一样。出现这个现象的物理意义又该如何解释？
赞一下 回复此楼
6楼2015-04-05 10:08:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njuedu007

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
7楼2015-04-05 15:13:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-04-03 22:43:26
您好：我还有一个小问题向你请教一个问题，速度自相关函数求出的值小于0有什么物理意义？谢谢！...

楼上讲得没错，就是速度反向了。

如果你在网上输入negative velocity autocorrelation function，就会发现有很多网页和文献讨论这个，比如这个 (Page 4)

http://ocw.mit.edu/courses/nucle ... ture-notes/lec3.pdf

说白了就是分子撞上了它周围的分子被反弹了回来。一般用cage effect （中文翻译成什么？笼子效应？）简单解释一下就行了。

cage effect，简单说来，就是粒子的扩散，要首先跳出它周围溶剂分子组成的笼子。这个笼子不是固定的，是活动的（因为溶剂分子也在运动），粒子跳出这个笼子的过程，是一个弛豫的过程，势必要与构成笼子的分子发生碰撞，反映在VACF上就是一个负值，反映在MSD上就是MSD一开始的一段不呈线性。
赞一下 回复此楼
8楼2015-04-06 11:43:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-04-04 14:08:57
谢谢！当初我也是这么想的，就是感觉是不是还有其他的物理意义在里面？是不是除了速度反向还与不同分子体系的稳定状态有一定的关系那？因为在模拟时 发现不同的分子体系下的速度自相关函数的谷底（出现负的最小值点 ...

谷底的大小，以及VACF衰减的速率和分子间平均相互作用，温度，分子大小，密度都有关系，应该有很多相关文献讨论这个问题，你可以查查看。

我猜测定性的分析以上参数对VACF的影响应该不难，而定量的分析很可能会用到一些非平衡态统计物理的工具，比如Fokker-Planck Equation, Mode-coupling Theory等等。
赞一下 回复此楼
9楼2015-04-06 11:50:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-06 11:43:05
楼上讲得没错，就是速度反向了。

如果你在网上输入negative velocity autocorrelation function，就会发现有很多网页和文献讨论这个，比如这个 (Page 4)

http://ocw.mit.edu/courses/nuclear-engineering/22 ...

十分感谢！下面这个图是我在粗粒化后模拟得到的速度自相关函数，在刚开始时不久就出现了负值，随后逐渐的趋近于0，同时不难发现在趋近于0后，还不是稳定在与0，而是出现负值方向轻微波动，这怎么解释比较好，通常我看到的文献上都没有很详细的分析这些原因，总是感觉怪怪的，是不是粗粒化后选择的力场有关？还是优化粗粒化力场时忽略的原子微观信息所导致的？
site-site correlation functions 与径向分布函数的区别与联系
export.png
赞一下 回复此楼
10楼2015-04-06 12:23:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chuntao118 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭