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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组下机数据的去杂处理方法
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an0ta

铜虫 (小有名气)

[求助] 转录组下机数据的去杂处理方法 已有2人参与

如题，高通量测序在数据下机后会过滤掉以下序列：
(1) 去除带接头(adapter)的reads；
(2) 去除N(N表示无法确定碱基信息)的比例大于10%的reads；
(3) 去除低质量reads(质量值Qphred <= 5的碱基数占整个reads的50％以上的reads)。
但是，很多材料收集提取RNA的时候难免会有微生物RNA的污染，去杂过程中用什么方法能够最大限度的去这部分杂RNA以保证后面的组装分析质量呢？
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责任感！
1楼 2015-03-30 10:54:50
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a2genomics

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖

这有何关系，那些微生物的RNA大部分都不会map到你的genome上的。最多就是mapping rate低些
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2楼2015-04-03 08:55:48
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王志云006

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

MG-RAST ? or other database?
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3楼2015-04-10 21:10:08
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