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an0ta

铜虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 88.9
帖子: 80
在线: 13.3小时
虫号: 1673826
注册: 2012-03-07
性别: GG
专业: 生物化学

[求助] 转录组下机数据的去杂处理方法已有2人参与

如题，高通量测序在数据下机后会过滤掉以下序列：
(1) 去除带接头(adapter)的reads；
(2) 去除N(N表示无法确定碱基信息)的比例大于10%的reads；
(3) 去除低质量reads(质量值Qphred <= 5的碱基数占整个reads的50％以上的reads)。
但是，很多材料收集提取RNA的时候难免会有微生物RNA的污染，去杂过程中用什么方法能够最大限度的去这部分杂RNA以保证后面的组装分析质量呢？

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责任感！

1楼 2015-03-30 10:54:50

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

a2genomics

捐助贵宾 (初入文坛)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 28
散金: 190
红花: 2
帖子: 13
在线: 9.3小时
虫号: 3784041
注册: 2015-04-03
性别: GG
专业: 细胞生物学研究中的新方法

【答案】应助回帖

这有何关系，那些微生物的RNA大部分都不会map到你的genome上的。最多就是mapping rate低些

2楼2015-04-03 08:55:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

王志云006

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 119
红花: 1
帖子: 22
在线: 4.6小时
虫号: 3784229
注册: 2015-04-03
专业: 环境微生物学

【答案】应助回帖

MG-RAST ? or other database?

3楼2015-04-10 21:10:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

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